教科書(shū)要改寫(xiě)了?你開(kāi)車(chē)在路上,紅綠燈同時(shí)亮起了紅燈和綠燈——這種完全違背常理的混亂,竟然就是科學(xué)家剛剛在一種微生物的遺傳密碼中發(fā)現(xiàn)的驚人真相,它直接粉碎了統(tǒng)治生物學(xué)界60年的“中心法則”鐵律!
這次顛覆性的發(fā)現(xiàn),其意義可能遠(yuǎn)超你的想象。它不僅挑戰(zhàn)了我們對(duì)生命底層邏輯的認(rèn)知,更可能為治療包括囊性纖維化在內(nèi)的10%遺傳性疾病打開(kāi)全新的大門(mén)。這項(xiàng)重磅研究由加州大學(xué)伯克利分校(UC Berkeley)的Dipti Nayak教授和前研究生Katie Shalvarjian領(lǐng)銜,成果2025年11月6日剛剛發(fā)表在《美國(guó)國(guó)家科學(xué)院院刊》(PNAS)上。
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這一發(fā)現(xiàn)究竟有多離譜?讓我們走進(jìn)這微觀世界的“法外之地”。
在生物學(xué)的世界里,有一套神圣不可侵犯的“密碼本”。DNA轉(zhuǎn)錄成RNA,RNA每三個(gè)堿基組成一個(gè)“密碼子”,對(duì)應(yīng)一種氨基酸。絕大多數(shù)生物只用20種標(biāo)準(zhǔn)氨基酸來(lái)以此搭建生命的大廈。
在這個(gè)密碼本中,UAG(琥珀密碼子)的含義是絕對(duì)的:“停車(chē)!翻譯結(jié)束!”它是紅燈,是句號(hào),是蛋白質(zhì)合成的終點(diǎn)。
但是,科學(xué)家們?cè)缇妥⒁獾剑幸活?lèi)特立獨(dú)行的產(chǎn)甲烷古菌(Methanogenic archaea),它們擁有一種名為吡咯賴(lài)氨酸(Pyrrolysine,簡(jiǎn)稱(chēng)Pyl)的獨(dú)門(mén)秘籍——這是生物界的第22種氨基酸。這種氨基酸對(duì)它們代謝甲胺(一種存在于環(huán)境甚至人類(lèi)腸道中的化合物)至關(guān)重要。
詭異的事情發(fā)生了:編碼這個(gè)Pyl氨基酸的密碼子,竟然就是那個(gè)代表“停止”的UAG
這就像在英語(yǔ)字典里,“STOP”這個(gè)詞同時(shí)也被定義為“GO”。細(xì)胞究竟是怎么搞清楚何時(shí)該停,何時(shí)該走的?
以前,科學(xué)家們認(rèn)為這背后一定有精密機(jī)關(guān)。比如第21種氨基酸(硒半胱氨酸),就需要一個(gè)特殊的“通行證”(SECIS序列)才能讓核糖體無(wú)視紅燈,強(qiáng)行通過(guò)。
于是,伯克利的研究團(tuán)隊(duì)對(duì)模式生物——巴氏甲烷八疊球菌(Methanosarcina acetivorans展開(kāi)了地毯式搜索,試圖找到類(lèi)似的“通行證”。
結(jié)果令人大跌眼鏡:根本沒(méi)有!
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為了實(shí)錘,研究人員對(duì)這種古菌中的關(guān)鍵基因rdmS進(jìn)行了測(cè)試。如果UAG代表停止,你會(huì)得到一個(gè)短蛋白(26.2 kDa);如果UAG代表Pyl,你會(huì)得到一個(gè)長(zhǎng)蛋白(112.8 kDa)。
Western Blot實(shí)驗(yàn)結(jié)果出來(lái)的那一刻,所有人都沉默了:兩條條帶同時(shí)出現(xiàn)了。
這意味著,同一個(gè)mRNA上的同一個(gè)UAG位點(diǎn),在同一個(gè)細(xì)胞里,既被讀成了“停止”,也被讀成了“繼續(xù)”。這根本不是什么精密調(diào)控,而是一場(chǎng)“模棱兩可”的賭博!
細(xì)胞似乎在說(shuō):“我也不知道該咋辦,干脆兩個(gè)都要吧。”
這種混亂難道不會(huì)導(dǎo)致細(xì)胞崩潰嗎?造出一堆錯(cuò)誤的蛋白質(zhì)垃圾,細(xì)胞不就死翹翹了?
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但事情顯然不是這樣,研究團(tuán)隊(duì)提出了一個(gè)基于“供需關(guān)系”的模型。
當(dāng)這種古菌生活在甲胺環(huán)境中時(shí),它需要大量合成甲基轉(zhuǎn)移酶(這些酶里全是UAG密碼子),對(duì)Pyl的需求激增(Demand),遠(yuǎn)遠(yuǎn)超過(guò)了供應(yīng)(Supply)。這就導(dǎo)致UAG的“通讀效率”實(shí)際上降低了,大部分時(shí)候還是當(dāng)作“停止”來(lái)用。
這聽(tīng)起來(lái)像是個(gè)Bug(缺陷),但實(shí)際上是個(gè)Feature(特性)。為了在混亂中求生,這種古菌在漫長(zhǎng)的進(jìn)化中做了一次壯士斷腕般的“基因大清洗”:
它們把基因組里絕大多數(shù)無(wú)關(guān)緊要的UAG都刪掉了!在普通生物中,UAG作為終止信號(hào)的使用率可能高達(dá)22%,但在這類(lèi)古菌中,這一比例被壓縮到了驚人的5%甚至更低(1%-5%)。
換句話說(shuō),既然我分不清紅綠燈,那我就把路上絕大多數(shù)紅綠燈都拆了,只保留必須的那幾個(gè)!
這項(xiàng)研究告訴我們要對(duì)大自然保持敬畏。生命并不總是精確的機(jī)器,有時(shí)候,適度的“模糊”和“混亂”反而是生存的最高智慧。
如果這種機(jī)制能被人類(lèi)掌握,也許在未來(lái),我們就能通過(guò)人為制造一點(diǎn)“混亂”,讓那些因?yàn)榛蛲蛔儗?dǎo)致蛋白提前終止的遺傳病患者,重新獲得生命的希望。
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參考文獻(xiàn):
- Shalvarjian, K. E., et al. (2025). Methanogenic archaea encoding Pyrrolysine maintain ambiguous amber codon usage.Proceedings of the National Academy of Sciences, 122(45), e2517473122.
- University of California - Berkeley. (2025, December 4). Scientists Have Discovered an Organism That Breaks Biology’s Golden Rule.
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