醫藥生產企業稅務風險成因

六、醫藥生產企業稅務風險成因

醫藥制造企業的稅務風險是內部管理短板與外部環境變化共同作用的結果：內部管理漏洞導致核算偏差、業務與稅務脫節；外部稅收政策迭代與監管技術升級帶來適應挑戰，同時行業政策疊加與合作方風險傳導加劇合規壓力。上述因素交織，形成系統性風險。

（一）內部管理缺陷

部分醫藥制造企業內部管理制度不完善，關鍵環節存在明顯漏洞。

其一，研發費用核算粗放。企業研發周期長、投入大，且研發與生產常共用資源，如實驗室設備、技術人員，若未建立清晰的費用分攤標準，易導致加計扣除范圍擴大化——如將生產車間設備折舊、非研發人員薪酬混入研發支出，或未區分資本化與費用化節點，引發稅務機關對加計扣除合規性的質疑。

其二，發票與業務流脫節。行業銷售依賴CSO推廣，但部分企業對CSO僅形式審核發票與合同，未實質核查推廣活動真實性，如學術會議無簽到表、市場調研無成果報告，導致“發票流與業務流背離”，成為虛開發票風險的傳導節點；中藥材采購中，若未嚴格登記農戶身份信息、留存物流驗收記錄，易因收購發票與實際采購量不符引發虛開風險。

其三，內控機制碎片化。財務與業務部門存在信息壁壘，合同簽訂未嵌入稅務條款，如未明確發票類型、稅率及違約責任，采購環節對供應商資質審核流于形式，未核查是否列入稅收違法“黑名單”，銷售環節對回款與開票節奏管控松散，導致“合同流、資金流、發票流”斷裂，形成四流不一致的潛在風險。

其四，財務人員政策適配不足，對稅收優惠政策理解滯后。如高新技術企業認定中研發人員占比不達標卻違規享受15%稅率優惠，或對生物制品簡易計稅政策適用條件判斷失誤，引發稅率適用錯誤。

（二）外部稅收政策與監管環境變化

稅收政策迭代與監管技術升級，對企業合規能力提出更高要求。

其一，稅制改革帶來適應挑戰。近年來稅收優惠政策持續細化，如研發費用加計扣除比例提升至100%，但同步收緊“研發活動”界定，若企業未及時更新核算口徑，易出現申報偏差；增值稅對細分領域的差異化規定，如中藥飲片簡易計稅、創新藥留抵退稅，要求精準匹配業務場景，否則可能因政策誤讀導致抵扣錯誤。

其二，監管技術放大風險暴露。金稅四期實現稅務與工商、醫保、銀行等多部門數據互通，通過大數據穿透式監管精準識別異常——如某藥企通過個人卡支付CSO費用，雖發票已入賬，但資金流與合同流背離被系統預警，追溯出隱匿收入風險；農產品采購中，系統自動校驗采購量與產能、物流的匹配性，虛構農戶信息、虛增收購量的行為更易被鎖定。

其三，行業政策疊加加劇壓力。兩票制壓縮流通環節后，銷售費用向CSO集中，但部分CSO為空殼公司，通過虛開服務費發票套取資金，風險極易傳導至合作藥企；醫保支付改革中，藥品價格與成本核算的聯動核查，如醫保局對“高價藥”成本合理性的質疑，與稅務機關對費用真實性的監管形成交叉，若定價與研發、生產、推廣成本邏輯斷裂，可能同時面臨價格違規與稅務處罰。

其四，合作方風險傳導。醫藥供應鏈涉及多層主體，上游供應商虛開發票，如偽造中藥材收購發票，下游客戶偷稅被查，均可能通過發票流、資金流牽連中游制造企業——金稅四期“風險掃描”中，上下游異常數據會直接觸發協查，形成“一損俱損”的傳導效應。

*本文摘自于《整治風暴下，醫藥企業稅務合規指引（2025版）》，下一期將更新第七分內容“醫藥生產企業稅務合規建議”，全文目錄如下：

目 錄

前言

一、醫藥生產企業及發展概況

（一）醫藥行業與醫藥生產企業

（二）醫藥行業產業鏈

（三）2024年中國醫藥行業發展概況

二、醫藥領域不正之風整治與稅務監管

（一）新醫改的目標和定位

（二）不正之風整治

（三）不正之風整治效果

（四）2025年，醫療領域整頓持續保持高壓

三、中國稅制改革與監管變化對醫藥生產企業的影響

（一）“兩票制”

（二）營改增

（三）金稅四期和信息透明時代的稅務監管

四、醫藥生產企業十大典型稅務案例

案例一：四川云亳堂藥業虛假中藥材采購虛開發票案

案例二：貴州某藥業虛構中藥材采購虛開發票及少計收入偷稅案

案例三：上海某生物醫藥虛報研發費用加計扣除偷稅案

案例四：黑龍江某華醫藥企業虛構交易虛開發票偷稅案

案例五：朗×醫藥科技取得虛開普票被追繳稅款并處罰款加收滯納金案

案例六：上海心×醫療因未填報高企年度報表被取消資格補稅案

案例七：深圳D藥業通過科目錯配隱匿廣宣費支出偷稅案

案例八：擬上市藥企A公司取得虛開推廣發票補稅案

案例九：C醫藥制造企業過期藥損失直接稅前列支案

案例十：A藥企八億餐費偽裝會議費偷稅案

五、醫藥生產企業六大稅務風險點

（一）采購農產品增值稅抵扣的稅務風險點

（二）研發費用加計扣除的稅務風險點

（三）資產損失處理的稅收風險點

（四）賬簿上不列、不及時、少列收入稅收風險點

（五）銷售費用的稅收風險點

（六）相關稅收優惠的稅收風險點

六、醫藥生產企業稅務風險成因

（一）內部管理缺陷

（二）外部稅收政策與監管環境變化

七、醫藥生產企業稅務合規建議

（一）建立內部稅務合規培訓機制

（二）加強推廣商審查與合同管理

（三）加強發票合規管理

（四）積極應對稅務檢查

（五）及時采取稅務救濟手段

（六）聘請稅務專業人士

八、明稅觀察

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