醫藥生產企業稅務合規建議

七、醫藥生產企業稅務合規建議

在醫藥行業監管高壓態勢下，稅務合規已成為企業生存與發展的生命線。醫藥行業稅務合規涉及全流程風險防控，以下從內部培訓、推廣商管理、發票合規、檢查應對、法律救濟及專業支持六方面，構建覆蓋事前預防、事中控制、事后補救的合規體系，助力企業防范稅務風險，保障合法經營。

（一）建立內部稅務合規培訓機制

醫藥行業財務人員需推動建立系統化的內部稅務合規培訓機制，以強化全員風險意識并夯實合規基礎。培訓應覆蓋財務、業務及管理層，定期組織稅法政策解讀與實務操作培訓，內容需結合行業特性，包括全電發票管理、研發費用歸集等具體流程，以及金稅四期下發票流、資金流、物流一致性的監管要求，同時邀請稅務專家實時答疑，確保對政策的準確理解。案例教學是關鍵環節，可通過剖析虛開發票、隱匿收入等行業典型稽查案例，編寫《稅務風險案例匯編》作為反面教材，強化員工對合規紅線的認知，尤其針對采購、營銷等重點崗位，需融入反商業賄賂、推廣服務真實性核查等專項內容，提升其對業務合規性的把控能力。

為保障培訓效果，應建立配套機制：將稅務合規納入績效考核體系，對違規行為嚴肅問責；同時，培訓內容需動態更新，及時納入國家稅務總局、醫保局發布的最新政策及行業趨勢，確保員工持續掌握監管重點。通過常態化培訓、案例警示與機制約束相結合，既能將合規理念融入日常操作，又能推動形成“全員參與、全程可控”的稅務合規文化，從源頭降低涉稅風險。

（二）加強推廣商審查與合同管理

面對重點虛開發票風險，醫藥行業需針對服務推廣商（尤其是CSO）構建全流程風險防控體系，重點阻斷虛開發票風險傳導。

在合作準入階段，應建立推廣商白名單制度，全面審查其經營狀況、業務資質及稅收信用，核查是否列入重大稅收違法“黑名單”，對新增或變更為個人獨資企業、一人有限公司的主體，需實地核驗經營場所真實性，避免與空殼公司合作；同時要求推廣商簽署依法納稅承諾書，對資質材料登記留檔，根據考核動態調整白名單。

合同簽訂時，需細化涉稅條款，明確發票類型、稅率、開票時間及違約責任，例如約定“因發票不合規導致的損失由開票方全額賠償”，并將發票合規性與付款條件掛鉤，形成剛性約束。

合作過程中，需監督推廣服務全流程，要求提供活動方案、專家簽到表、現場影像等佐證材料，確保學術會議組織、市場調研等服務真實可溯；風控部門不定期抽查資料，對存在虛開風險的推廣商及時清退。交易完成后，需完整留存合同、發票、銀行流水、物流單據等，確保“業務流、資金流、發票流、合同流”四流一致。

通過準入嚴篩、合同約束、過程留痕及證據閉環管理，可有效夯實業務真實性基礎，防范虛開發票風險。

（三）加強發票合規管理

醫藥行業財務人員需構建全流程發票合規管理體系，以防范虛開發票風險，夯實稅務合規基礎。依據《發票管理辦法》要求，企業應設立覆蓋發票開具、取得、審核、歸檔的全流程內控制度。

從稅務角度而言，業務真實性是稅務機關認定虛開發票等稅收違法行為的重要考量，所以需要重點確保“業務流、資金流、發票流、合同流”四流一致。采購環節向農戶采購中藥材時，需登記售貨人身份信息、銀行賬戶等，避免現金交易導致證據鏈斷裂；針對兩票制下的銷售費用，細化會議費、咨詢費等科目管理，要求推廣服務商依法開具合規發票，同時附會議簽到表、現場影像、咨詢成果報告等證明材料，杜絕虛構業務套開發票；同時應加強財務報銷制度的管理，在報銷業務人員費用時，除了要嚴格審核發票真偽外，還應審核發票反映的業務是否真實發生，附件證明材料是否齊全，以避免事實和形式的矛盾。

（四）積極應對稅務檢查

面對稅務檢查，醫藥企業需構建系統化應對機制。

首先應組建由財務負責人、法務人員及外部稅務顧問構成的專業團隊，統一協調資料提供與溝通事宜，避免因溝通不當加劇風險。

檢查階段，應及時梳理相關交易資料和證據，及時提供對自己有利的資料，并做好溝通和必要的陳述申辯。

（五）及時采取稅務救濟手段

醫藥企業在收到稅務機關處理或處罰決定后，需精準把握法律救濟時限與流程，通過合規手段維護合法權益。

在行政處罰告知階段，應在收到告知書5日內及時申請聽證，充分陳述申辯意見，避免因程序疏漏影響結果。

稅務處理或處罰決定作出后，若對結果有異議，需在60日內繳清稅款、滯納金或提供有效納稅擔保，隨后在擔保確認或款項繳清之日起60日內提起行政復議，重點針對偷稅定性、納稅調整等爭議點，補充交易合同、資金流向記錄等證據。

對復議結果不服的，需在收到復議決定后6個月內提起行政訴訟，確保訴訟材料涵蓋完整證據鏈，如虛開發票爭議中提供真實業務的物流單據與付款憑證。

通過嚴格遵循聽證、復議、訴訟的時限要求，結合醫藥行業業務特性夯實證據基礎，可有效提升救濟成功率，保障企業合法權益。

（六）聘請稅務專業人士

醫藥企業面臨復雜多變的稅收政策和高壓監管環境，僅憑內部團隊往往難以全面識別和應對潛在風險。專業稅務顧問的介入是構建合規體系的關鍵一環。專業團隊可第一時間解析政策要點，結合企業業務模式預判風險，根據企業實際業務場景設計合規的發票管理流程、費用列支標準及業務模式優化路徑等。

尤其，相關企業或個人在面臨稅務稽查或刑事調查/指控時，稅務律師可協助企業梳理證據鏈、撰寫申辯材料、實施聽證、復議、訴訟或刑事辯護等法律救濟程序，最大限度降低行政或刑事風險。

八、明稅觀察

在醫藥行業監管日益嚴格的當下，持續稅務合規對醫藥企業至關重要。從企業自身角度來看，合規能避免稅務風險帶來的經濟損失，降低補稅、罰款甚至刑事責任的可能性，保障企業的資金安全和正常運營。例如，諸多因虛開發票被處罰的企業，不僅面臨巨額罰款，還嚴重影響了企業聲譽和后續發展。

從行業發展層面而言，持續合規有助于營造公平競爭的市場環境，推動整個醫藥行業朝著規范化、專業化方向發展。當所有企業都遵守稅務法規時，“劣幣驅逐良幣”的現象將得到遏制，行業生態得以凈化，為企業的長期發展奠定堅實基礎。

展望未來，隨著金稅四期的推進和全電票的普及，稅務監管會更加嚴格。醫藥企業應將稅務合規作為企業發展戰略的重要組成部分，積極主動地適應監管變化。一方面，持續加強內部管理，不斷完善加強發票合規管理、合作方審查與合同管理等制度；另一方面，加大在數字化轉型、專業人才培養等方面的投入，提升企業的核心競爭力。只有這樣，企業才能在激烈的市場競爭中立于不敗之地，實現可持續發展，為醫藥行業的健康發展貢獻力量。

法律聲明

本文件載明的內容并不構成我們對相關問題的正式法律意見。如任何人依據該文件的內容從事任何的行動而遭受任何的損失或被任何政府部門處以罰款，北京明稅律師事務所，及其合伙人和任何的雇員并不承擔任何的責任和損失。感謝實習生張文慧同學對本報告的貢獻。

*本文摘自于《整治風暴下，醫藥企業稅務合規指引（2025版）》，全文目錄如下：

目 錄

前言

一、醫藥生產企業及發展概況

（一）醫藥行業與醫藥生產企業

（二）醫藥行業產業鏈

（三）2024年中國醫藥行業發展概況

二、醫藥領域不正之風整治與稅務監管

（一）新醫改的目標和定位

（二）不正之風整治

（三）不正之風整治效果

（四）2025年，醫療領域整頓持續保持高壓

三、中國稅制改革與監管變化對醫藥生產企業的影響

（一）“兩票制”

（二）營改增

（三）金稅四期和信息透明時代的稅務監管

四、醫藥生產企業十大典型稅務案例

案例一：四川云亳堂藥業虛假中藥材采購虛開發票案

案例二：貴州某藥業虛構中藥材采購虛開發票及少計收入偷稅案

案例三：上海某生物醫藥虛報研發費用加計扣除偷稅案

案例四：黑龍江某華醫藥企業虛構交易虛開發票偷稅案

案例五：朗×醫藥科技取得虛開普票被追繳稅款并處罰款加收滯納金案

案例六：上海心×醫療因未填報高企年度報表被取消資格補稅案

案例七：深圳D藥業通過科目錯配隱匿廣宣費支出偷稅案

案例八：擬上市藥企A公司取得虛開推廣發票補稅案

案例九：C醫藥制造企業過期藥損失直接稅前列支案

案例十：A藥企八億餐費偽裝會議費偷稅案

五、醫藥生產企業六大稅務風險點

（一）采購農產品增值稅抵扣的稅務風險點

（二）研發費用加計扣除的稅務風險點

（三）資產損失處理的稅收風險點

（四）賬簿上不列、不及時、少列收入稅收風險點

（五）銷售費用的稅收風險點

（六）相關稅收優惠的稅收風險點

六、醫藥生產企業稅務風險成因

（一）內部管理缺陷

（二）外部稅收政策與監管環境變化

七、醫藥生產企業稅務合規建議

（一）建立內部稅務合規培訓機制

（二）加強推廣商審查與合同管理

（三）加強發票合規管理

（四）積極應對稅務檢查

（五）及時采取稅務救濟手段

（六）聘請稅務專業人士

八、明稅觀察

法律聲明

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