單細(xì)胞00.讓大佬賦能，讓AI賦能！開放麥，等您來！

陽歷已經(jīng)進(jìn)入2026年，陰歷蛇年還沒進(jìn)入2025年臘月。在這個(gè)冬天已經(jīng)到來，春天快要開始的時(shí)間，我們?cè)僮鲆淮螁渭?xì)胞21天打卡學(xué)習(xí)。許諾果友的空間組和上游分析教程因?yàn)楦鞣N原因擱置，深感抱歉。馬年，我們一定會(huì)呈現(xiàn)給大家。書歸正傳，說回單細(xì)胞。說句實(shí)在話，都2026年了，如果還不懂單細(xì)胞，就跟幾年前不知道生信一樣，已經(jīng)落伍了。

當(dāng)然，更大的困惑是，我們知道了生信，學(xué)會(huì)了代碼，但是仍然不能開展一個(gè)課題，發(fā)表哪怕一篇論文！換句話說，“學(xué)了這么多代碼，卻連一篇論文都發(fā)不了"。簡直是過去常說的那句“讀了那么多書，卻仍然過不好人生！”的翻版！當(dāng)溫州醫(yī)科大學(xué)的本科生可以發(fā)表40多篇論文，這就說明生信論文發(fā)表周期是快于傳統(tǒng)的基礎(chǔ)研究論文的。問題不是生信，而在于做生信分析的人。

生信不是全能的，寫代碼也并不是做科研！有句話說，有道無術(shù)，術(shù)尚可求；有術(shù)無道，止于術(shù)。用在科研上，這里的道就是科研思維，這里的術(shù)就是寫代碼或者生信分析。很多小伙伴可能學(xué)會(huì)了寫代碼，做生信分析，但就是沒有掌握科研思維，或者片面點(diǎn)說，沒有掌握生信思維，而只是學(xué)到了一些代碼，有的甚至代碼也沒學(xué)好。

歡迎加入，單細(xì)胞21天打卡學(xué)習(xí)！

因此，想做課題，發(fā)論文，最重要的反而不是代碼，而是科研思維。思維這個(gè)東西本身就是形而上的，看不見、摸不著，但卻真真切切地存在，像風(fēng)、像電，是科學(xué)，而非玄學(xué)。只要是科學(xué)，他就有規(guī)律，就可以被我們學(xué)習(xí)，就有方法。最好的科研思維培訓(xùn)，既不在大佬們的會(huì)議分享或課堂上，也不在一系列培訓(xùn)課上（包括我們的集訓(xùn)課和周末論壇），而在于每一個(gè)實(shí)際推進(jìn)、實(shí)際落地的課題之中。說白了，就是經(jīng)典文獻(xiàn)！

會(huì)議主題：單細(xì)胞學(xué)習(xí)總動(dòng)員

會(huì)議時(shí)間：2026/01/11 19:00-20:00

發(fā)起主持：芒果師兄

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經(jīng)典文獻(xiàn)之所以經(jīng)典，就在于他們把形而上的科研思維具象化了。我們從經(jīng)典文獻(xiàn)中提煉出科研元素，然后自由組合，實(shí)踐落地，就能做出新課題了。因此，這次單細(xì)胞21天打卡學(xué)習(xí)，我們從“一篇頂百篇”的10篇經(jīng)典文獻(xiàn)開始。本次解讀，我們換個(gè)視角，可能會(huì)帶給大家耳目一新的感覺。

如果說生信分析有啥用，那就是，沒課題的時(shí)候幫著找課題，沒機(jī)制的時(shí)候幫著找機(jī)制。如果說生信分析怎么做，上面三句話就夠了。近期被這句話點(diǎn)醒：在單細(xì)胞、多組學(xué)的背景下，對(duì)腫瘤微環(huán)境中關(guān)鍵免疫細(xì)胞亞群的深入研究變得至關(guān)重要。忽然發(fā)現(xiàn)，好多經(jīng)典文獻(xiàn)就是這樣做的，只是當(dāng)時(shí)已惘然。

經(jīng)典文獻(xiàn)101。2020年Cancer Cell雜志上題為Cooperation between Constitutive and Inducible Chemokines Enables T Cell Engraftment and Immune Attack in Solid Tumors的研究論文。該研究首先篩選并驗(yàn)證趨化因子CCL5和CXCL9與腫瘤中CD8+ T 細(xì)胞的浸潤相關(guān)。再通過一系列實(shí)驗(yàn)鑒定和確認(rèn)CCL5來源于腫瘤細(xì)胞，CXCL9則源于單核細(xì)胞和樹突狀細(xì)胞，是被干擾素-γ誘導(dǎo)表達(dá)的。Fig3的結(jié)論是CXCL9可能與腫瘤中淋巴細(xì)胞的募集有關(guān)，且CXCL9主要由腫瘤相關(guān)巨噬細(xì)胞和樹突狀細(xì)胞產(chǎn)生。Fig1~Fig3屬于表型探究，F(xiàn)ig4屬于機(jī)制探究，F(xiàn)ig5~Fig7屬于臨床意義探究。

精讀文獻(xiàn)102。2018年5月，Immunity雜志發(fā)表題為Co-inhibitory Molecule B7 Superfamily Member 1 Expressed by Tumor-Infifiltrating Myeloid Cells Induces Dysfunction of Anti-tumor CD8+ T Cells的研究論文。阻斷PD-1/PD-L1通路可使部分腫瘤中的CD8+ T 細(xì)胞恢復(fù)活力，但有些腫瘤抗PD-1治療總體反應(yīng)率僅為 20%~30% ，表明可能存在驅(qū)動(dòng) T 細(xì)胞耗竭的其他機(jī)制。B7H4在多種實(shí)體瘤被發(fā)現(xiàn)，且與患者預(yù)后和腫瘤中 T 細(xì)胞的浸潤負(fù)相關(guān)。因此，B7H4是腫瘤免疫療法一個(gè)有希望的候選靶點(diǎn)。

精讀文獻(xiàn)103，尋找新型免疫檢查點(diǎn)分子。通訊作者是陳列平教授。自1990年代開始一直致力于免疫共刺激、共抑制分子的免疫調(diào)控機(jī)制及其在腫瘤和其他疾病中的轉(zhuǎn)化研究。2019年1月，在Cell雜志上發(fā)表題為Fibrinogen-like Protein 1 Is a Major Immune Inhibitory Ligand of LAG-3的研究論文，基于cDNA文庫質(zhì)粒高通量轉(zhuǎn)染，并通過結(jié)合實(shí)驗(yàn)和阻斷實(shí)驗(yàn)，首次發(fā)現(xiàn)并證明，纖維介素蛋白1（FGL1)是LAG-3的抑制性功能配體，揭示其在腫瘤免疫中的作用。

精讀文獻(xiàn)104，CRISPR文庫高通量篩選體系、驗(yàn)證策略。2021年9月，Nature雜志發(fā)表題為Inter-cellular CRISPR screens reveal regulators of cancer cell phagocytosis的研究論文。該研究通過CRISPR文庫雙篩選系統(tǒng)，在巨噬細(xì)胞中使用全基因組篩選，發(fā)現(xiàn)并鑒定G蛋白偶聯(lián)受體GPR84增強(qiáng)了對(duì)APMAP缺陷腫瘤細(xì)胞的吞噬作用，揭示了對(duì)抗體誘導(dǎo)吞噬作用易感腫瘤的內(nèi)在調(diào)節(jié)因子。

芒果文獻(xiàn)105，外泌體 PD-L1 與腫瘤免疫逃逸。2018年8月，Nature雜志發(fā)表題為Exosomal PD-L1 contributes to immunosuppression and is associated with anti-PD-1 response的論文；2019年4月，Cell雜志發(fā)表題為Suppression of Exosomal PD-L1 Induces Systemic Anti-tumor Immunity and Memory的論文。兩篇論文的核心是腫瘤細(xì)胞釋放外泌體PD-L1，并通過淋巴系統(tǒng)或血液流到淋巴結(jié)，遠(yuǎn)程影響并阻止免疫細(xì)胞的抗腫瘤作用。因此，外泌體攜帶的PD-L1不是關(guān)閉腫瘤表面的免疫反應(yīng)，而是在免疫細(xì)胞到達(dá)腫瘤之前就抑制了免疫細(xì)胞。

芒果文獻(xiàn)106，可溶性蛋白PCSK9與腫瘤免疫逃逸。2020年11月，Nature期刊發(fā)表題為Inhibition of PCSK9 potentiates immune checkpoint therapy for cancer的論文。該研究發(fā)現(xiàn)，腫瘤細(xì)胞通過分泌 PCSK9 抑制腫瘤細(xì)胞MHC-I類分子抗原肽的呈遞，同時(shí)抑制殺傷性 T 細(xì)胞表面TCR的表達(dá)，從而抑制抗腫瘤免疫。通過基因刪除或PCSK9抗體抑制劑的功能缺失實(shí)驗(yàn)，可增加MHC-I類分子在腫瘤細(xì)胞表面的表達(dá)，從而促進(jìn)細(xì)胞毒性 T 細(xì)胞在腫瘤內(nèi)的浸潤。

芒果文獻(xiàn)107，如何用9例臨床樣本發(fā)頂刊？2023年12月，Cell期刊發(fā)表題為Human inherited CCR2 deficiency underlies progressive polycystic lung disease的論文，描述了單核細(xì)胞趨化因子受體CCR2完全缺乏引起人類肺部疾病的表型，并闡明其中的機(jī)制和臨床價(jià)值。這篇只有 9 例樣本的遺傳病研究，可以說是問題來自臨床，解決來自科研，應(yīng)用回歸臨床的典范。這項(xiàng)研究最難的點(diǎn)在于，作者是如何想到把 9 例肺泡蛋白沉積癥、進(jìn)行性多囊肺病和復(fù)發(fā)性感染患者的樣本進(jìn)行全外顯子測序的。

芒果文獻(xiàn)108，張澤民團(tuán)隊(duì)經(jīng)典論文（單細(xì)胞+干濕結(jié)合）！2022年12月，Nature雜志發(fā)表題目為Liver tumour immune microenvironment subtypes and neutrophil heterogeneity的研究論文。文章運(yùn)用單細(xì)胞測序技術(shù)描繪了原發(fā)肝癌的免疫微環(huán)境景觀并進(jìn)行分型，重點(diǎn)關(guān)注其中的腫瘤相關(guān)中性粒細(xì)胞（TAN）。

芒果文獻(xiàn)109，建模型，選表型，定基因，頂刊是這么玩的！2023年12月，Cell雜志發(fā)表題為Prolonged sleep deprivation induces a cytokine-storm-like syndrome in mammals的研究論文。研究發(fā)現(xiàn)，睡眠不足可能會(huì)導(dǎo)致嚴(yán)重的病理生理后果，甚至誘發(fā)死亡！在長達(dá)4天熬夜之后，生物體表現(xiàn)出嚴(yán)重的炎癥反應(yīng)，約有80%死亡。表型、基因之間的關(guān)系，通過模型驗(yàn)證！

芒果文獻(xiàn)110篇，生信推動(dòng)實(shí)驗(yàn)，實(shí)驗(yàn)引導(dǎo)生信，干濕結(jié)合文章！2021年8月，Cell雜志發(fā)表題為CXCR6 positions cytotoxic T cells to receive critical survival signals in the tumor microenvironment的研究論文，通過單細(xì)胞測序＋濕實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證，深入闡釋CXCR6 T 細(xì)胞在抗腫瘤免疫中的關(guān)鍵作用。這篇文章就妙在，單細(xì)胞推動(dòng)實(shí)驗(yàn)，實(shí)驗(yàn)又引導(dǎo)生信，兩者相互成就，是非常好的干濕結(jié)合文章。機(jī)制部分并不好做，但作者通過生信分析+數(shù)據(jù)挖掘，確定DC3與CXCR6 T 細(xì)胞的互作及其機(jī)制。值得借鑒！

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