工具推薦 | SDMap：讓藥物反應(yīng)可視化的空間數(shù)據(jù)庫(kù)（二）

上期簡(jiǎn)要介紹了，這次我們來(lái)看具體應(yīng)用。

1.Search

我們隨機(jī)選擇一個(gè)部位：Oral（部位是口腔），同時(shí)在很多藥物中選擇了：LY-294002（經(jīng)典 PI3K 抑制劑（磷脂酰-3-激酶）），接下來(lái)展示其結(jié)果。

1.點(diǎn)擊Details查看，這頁(yè)展示的是LY-294002（PI3K 抑制劑）在 GSM6339632_s2 這個(gè)組織切片（10x Visium空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)）中，對(duì)不同細(xì)胞類(lèi)型(cell types) 和 微環(huán)境生態(tài)位 (niches) 的影響關(guān)聯(lián)分析結(jié)果（即藥物-細(xì)胞響應(yīng)的差異表達(dá)顯著性情況）。

給我們展示的是藥物的基本信息，其靶點(diǎn)是MROT，以及GSM6339632_S2這個(gè)樣本的具體信息（GE0中將GSE定義為一個(gè)數(shù)據(jù)集，GSM定義為樣本A）。可以看到在CellTypes中，分別展示了惡性細(xì)胞、上皮細(xì)胞、軟骨細(xì)胞、干細(xì)胞、平滑肌細(xì)胞、內(nèi)皮細(xì)胞、巨噬細(xì)胞這幾種細(xì)胞在該藥物的作用下

(以上解釋來(lái)自于gpt)

PI3K/mTOR 抑制劑 LY-294002 在口腔癌組織中主要抑制惡性腫瘤細(xì)胞、上皮細(xì)胞，說(shuō)明癌細(xì)胞對(duì)PI3K-AKT-mTOR 通路依賴性更高。

(以上解釋來(lái)自于gpt)

不同的空間區(qū)域（如腫瘤中心、浸潤(rùn)邊緣、間質(zhì)區(qū)等）對(duì)藥物反應(yīng)程度不同，表格顯示niche 6、11、8、5、2 是最對(duì) LY-294002 反應(yīng)敏感的區(qū)域。

總結(jié)：SDMAP 分析顯示，PI3K 抑制劑 LY-294002 在口腔原發(fā)腫瘤（OSCC）的空間轉(zhuǎn)錄組切片(GSM6339632_s2) 中顯著抑制惡性腫瘤細(xì)胞、上皮細(xì)胞。受抑制細(xì)胞主要集中在特定空間生態(tài)位（niche 6 / 11 / 8），提示不同微環(huán)境區(qū)對(duì)藥物的敏感性存在空間異質(zhì)性。剩下想要看具體內(nèi)容點(diǎn)擊前面的圖標(biāo)就可以啦！

2.Browse

該網(wǎng)頁(yè)展示了很多種藥物以及相對(duì)應(yīng)的疾病種類(lèi)，所以我們可以看一種藥在不同腫瘤中對(duì)應(yīng)反應(yīng)。也可以看一種腫瘤對(duì)應(yīng)的多種藥物的結(jié)果。

3.Tools

(以上注釋來(lái)自gpt)

每個(gè)功能進(jìn)去可以繼續(xù)選擇其擁有該功能的數(shù)據(jù)集從而繼續(xù)選擇對(duì)應(yīng)的劑量等。

點(diǎn)擊下載我們可以看到，這些數(shù)據(jù)大部分來(lái)自10X家，可以下載3種內(nèi)容，分別是：matrix(rds格式)，results(csv格式)，可以下載去研究。

其實(shí)酸杏覺(jué)得該數(shù)據(jù)庫(kù)數(shù)據(jù)龐大，可以：1.自己想看的靶點(diǎn)藥來(lái)SDMAP數(shù)據(jù)庫(kù)逛一圈看看其對(duì)應(yīng)的細(xì)胞類(lèi)型/腫瘤類(lèi)型是否和自己想要的結(jié)果一致，相當(dāng)于定心丸。進(jìn)一步去GEO搜索其對(duì)應(yīng)的樣本所對(duì)應(yīng)的文章，了解其具體方法（藥物來(lái)源、劑量、時(shí)間等，結(jié)果展示等）（尤其是一種罕見(jiàn)藥物時(shí)，該數(shù)據(jù)庫(kù)的作用尤為重要）。2.如此大的數(shù)據(jù)量，可以寫(xiě)一篇總結(jié)性文章！