醫(yī)藥生產(chǎn)企業(yè)十大典型稅務(wù)案例與六大稅務(wù)風(fēng)險點(diǎn)

四、醫(yī)藥生產(chǎn)企業(yè)十大典型稅務(wù)案例

案例一：四川云亳堂藥業(yè)虛假中藥材采購虛開發(fā)票案

2024年10月，國家稅務(wù)總局通報了一起四川綿陽稅警聯(lián)合查處醫(yī)藥企業(yè)虛開增值稅發(fā)票案件。

該案由國家稅務(wù)總局綿陽市稅務(wù)局第三稽查局聯(lián)合公安經(jīng)偵部門于2024年查處，涉案主體四川云亳堂藥業(yè)有限公司被犯罪團(tuán)伙實(shí)際控制，在無真實(shí)業(yè)務(wù)背景下，通過編造虛假中藥材采購鏈條，偽造上游醫(yī)藥公司及農(nóng)業(yè)合作社交易記錄，并支付“開票費(fèi)”，從而非法取得虛開的增值稅專用發(fā)票和農(nóng)產(chǎn)品收購發(fā)票1300余份，違規(guī)抵扣稅款，涉案金額累計(jì)超億元。

稅務(wù)機(jī)關(guān)依據(jù)《發(fā)票管理辦法》第二十二條及《刑法》關(guān)于虛開發(fā)票罪的規(guī)定，認(rèn)定其行為構(gòu)成虛開增值稅專用發(fā)票、用于抵扣稅款發(fā)票罪。最終該公司被判處罰金40萬元，夏某、魏某等4名主犯分別被判處3至11年有期徒刑，并處罰金合計(jì)10萬元，沒收違法所得50萬元，同時對上游虛開違法行為作另案處理。

案例二：貴州某藥業(yè)虛構(gòu)中藥材采購虛開發(fā)票及少計(jì)收入偷稅案

根據(jù)《黔稅稽罰﹝2024﹞1號》行政處罰決定書披露，貴州某藥業(yè)有限公司因長期系統(tǒng)性虛開農(nóng)產(chǎn)品收購發(fā)票及隱匿收入被稅務(wù)機(jī)關(guān)重罰。該企業(yè)違法行為始于2015年9月并持續(xù)至2022年，在長達(dá)八年的時間內(nèi)，通過偽造記賬憑證并虛構(gòu)中藥材采購業(yè)務(wù)，套用劉某菊、羅某濤等七名自然人的身份信息開具品目為“中草藥材”的農(nóng)產(chǎn)品收購發(fā)票44,616份，價稅合計(jì)金額高達(dá)43.13億元，并違規(guī)抵扣增值稅進(jìn)項(xiàng)稅額2,986.34萬元。稅務(wù)機(jī)關(guān)調(diào)查明確，被套用身份的七名自然人既未實(shí)際種植或出售相關(guān)中藥材，也從未與健興藥業(yè)發(fā)生過任何真實(shí)交易，其身份完全被用于構(gòu)造虛假采購鏈條。

在違法手段上，該藥業(yè)不僅精心設(shè)計(jì)了虛假的交易鏈條，包括偽造采購合同、農(nóng)戶身份信息及資金流水等配套資料，還利用了2018年9月前農(nóng)產(chǎn)品收購發(fā)票實(shí)行“自開自抵”政策的監(jiān)管漏洞進(jìn)行集中虛開抵扣。此外，該公司在2019年12月至2022年12月期間，還將部分未開票銷售收入通過財(cái)務(wù)賬上的“待處理財(cái)產(chǎn)損益”科目掛賬處理，隱匿了應(yīng)稅收入以逃避納稅義務(wù)。

針對上述行為，稅務(wù)機(jī)關(guān)依據(jù)《發(fā)票管理辦法》第二十二條關(guān)于虛開發(fā)票的定義及《增值稅暫行條例》第九條禁止抵扣不合法憑證進(jìn)項(xiàng)稅額的規(guī)定，最終認(rèn)定健興藥業(yè)的全部違法行為構(gòu)成偷稅。鑒于其違法持續(xù)時間橫跨8年、涉及金額巨大、主觀采用系統(tǒng)性造假手段且性質(zhì)惡劣，除被追繳全部少繳稅款2,986.34萬元并加收滯納金外，還被處以4,588萬元的高額罰款。

案例三：上海某生物醫(yī)藥虛報研發(fā)費(fèi)用加計(jì)扣除偷稅案

2024年10月，國家稅務(wù)總局網(wǎng)站通報了一起稅案。上海市稅務(wù)局第五稽查局通過精準(zhǔn)分析線索，發(fā)現(xiàn)了上海某生物科技有限公司的稅務(wù)問題。該公司通過虛構(gòu)委托外包研發(fā)項(xiàng)目等手段，虛報研發(fā)費(fèi)用加計(jì)扣除。這種行為違反了稅收相關(guān)法律法規(guī)，導(dǎo)致國家稅收流失。經(jīng)查明，該公司偷稅金額達(dá)206萬元。

上海市稅務(wù)局第五稽查局依據(jù)《中華人民共和國企業(yè)所得稅法》《中華人民共和國稅收征收管理法》等相關(guān)規(guī)定，對上海同騰生物科技有限公司依法追繳稅款、加收滯納金，并作出罰款處罰，三項(xiàng)金額共計(jì)376萬元。

案例四：黑龍江某華醫(yī)藥企業(yè)虛構(gòu)交易虛開發(fā)票偷稅案

2024年1月，國家稅務(wù)總局哈爾濱市稅務(wù)局稽查局發(fā)布了一則關(guān)于對黑龍江省某華醫(yī)藥有限責(zé)任公司送達(dá)稅務(wù)文書的公告。在該公告中，詳細(xì)地披露了某華醫(yī)藥系統(tǒng)性虛開增值稅發(fā)票及偷稅行為的細(xì)節(jié)。并且，該企業(yè)因上述稅收違法行為被國家稅務(wù)總局哈爾濱市稅務(wù)局稽查局重罰。

通過支付開票（管理）費(fèi)方式與西藏某健醫(yī)藥、四川省某草醫(yī)藥等第三方空殼公司構(gòu)建虛假交易鏈：先以空殼公司名義與藥廠簽訂低價采購合同，由藥廠將藥品直發(fā)至天華醫(yī)藥倉庫，再偽造空殼公司高價轉(zhuǎn)售給某華醫(yī)藥的交易流程，累計(jì)取得虛開增值稅專用發(fā)票3,703份（價稅合計(jì)4.23億元），違規(guī)抵扣增值稅進(jìn)項(xiàng)稅額6,139萬元。為掩蓋違法事實(shí)，某華醫(yī)藥設(shè)計(jì)資金閉環(huán)操作——將底價藥款經(jīng)空殼公司周轉(zhuǎn)支付給藥廠后，再將虛高部分匯至空殼公司形成2.59億元資金回流。同時，通過隱匿41.5萬元銷售收入、虛列730萬元成本費(fèi)用（含偽造74份發(fā)票）及虛假申報逃避房產(chǎn)稅、土地使用稅等配套手段偷逃稅費(fèi)。

針對該企業(yè)通過實(shí)施不具有合理商業(yè)目的的購銷活動安排，取得虛開的增值稅專用發(fā)票抵扣增值稅進(jìn)項(xiàng)稅額及稅前扣除、通過銷售貨物不列（少列）收入、多列支出（成本）、虛假申報等手段，造成不繳少繳稅款的行為，稅務(wù)機(jī)關(guān)依據(jù)《發(fā)票管理辦法》第二十二條及《稅收征管法》第六十三條，認(rèn)定其虛開發(fā)票、偷逃增值稅及附加稅費(fèi)、企業(yè)所得稅等合計(jì)1.14億元的行為構(gòu)成偷稅，最終處以虛開行為頂格罰款50萬元，并對偷稅行為按少繳稅款的50%比例從重罰款5,556.8萬元。

案例五：朗×醫(yī)藥科技取得虛開普票被追繳稅款并處罰款加收滯納金案

知×藥業(yè)于2023年4月13日發(fā)布公告，披露子公司朗×醫(yī)藥科技2016-2018年期間取得的10家單位開具的43份發(fā)票被稅務(wù)機(jī)關(guān)認(rèn)定為虛開，造成少繳2018年度企業(yè)所得稅9.84萬元。被稽查局追繳稅款并處0.6倍罰款計(jì)5.9萬元，并加收滯納金。

該藥業(yè)于后續(xù)公告中補(bǔ)充披露，在早期開展業(yè)務(wù)時，由業(yè)務(wù)人員負(fù)責(zé)推廣業(yè)務(wù)的開展，朗某醫(yī)藥科技對業(yè)務(wù)人員提供的發(fā)票、合同及合同附件等憑證進(jìn)行審查后向業(yè)務(wù)人員報銷相關(guān)推廣費(fèi)用。基于上述背景，2016年10月至2018年5月期間，朗某醫(yī)藥科技的部分業(yè)務(wù)人員在各地開展推廣業(yè)務(wù)時，從個別酒店管理公司、咨詢公司等基于業(yè)務(wù)展開需求申請開具了部分差旅費(fèi)、咨詢費(fèi)等費(fèi)用的增值稅普通發(fā)票。上述個別公司因其自身原因被稅務(wù)機(jī)關(guān)處罰，繼而業(yè)務(wù)人員向朗某醫(yī)藥科技提供的該等公司開具的發(fā)票被稅務(wù)機(jī)關(guān)認(rèn)定為違法開具。

從以上公告可以看出，雖然業(yè)務(wù)人員開展的推廣業(yè)務(wù)系真實(shí)發(fā)生，但是報銷的發(fā)票雖存在不規(guī)范的情況，仍會被稅務(wù)機(jī)關(guān)稽查。

案例六：上海心×醫(yī)療因未填報高企年度報表被取消資格補(bǔ)稅案

2024年12月3日，上海微創(chuàng)心×醫(yī)療科技（集團(tuán)）股份有限公司發(fā)布關(guān)于收到稅務(wù)事項(xiàng)通知書需補(bǔ)繳稅款的公告。根據(jù)公告，2024年11月29日，浦東新區(qū)稅務(wù)局第二稅務(wù)所依據(jù)取消高新技術(shù)企業(yè)資格公告向公司發(fā)出《稅務(wù)事項(xiàng)通知書》，因公司被取消高新技術(shù)企業(yè)資格，稅務(wù)機(jī)關(guān)按規(guī)定追繳公司自不符合認(rèn)定條件年度起（即2023年）已享受的稅收優(yōu)惠，并要求繳納滯納金。

心×醫(yī)療稱，經(jīng)公司初步測算，需補(bǔ)繳的稅款及滯納金合計(jì)約為6000萬至7000萬元，對凈利潤的影響預(yù)計(jì)占公司最近一個會計(jì)年度經(jīng)審計(jì)凈利潤的10%以上，最終對公司2024年損益的影響將以2024年度經(jīng)審計(jì)的財(cái)務(wù)報表為準(zhǔn)。對通知書要求的稅款及滯納金，公司將予以補(bǔ)繳。

對于導(dǎo)致公司被取消高新技術(shù)資格的原因，公告中聲明是“公司累計(jì)兩年（2021年、2022年）未填報企業(yè)年度發(fā)展情況報表被取消高新技術(shù)企業(yè)資格，取消起始年度為2023年”。

案例七：深圳D藥業(yè)通過科目錯配隱匿廣宣費(fèi)支出偷稅案

2024年4月，中國稅務(wù)報發(fā)布一篇名為《同行大量投放廣告為何這家藥企廣告費(fèi)用寥寥》的報道。根據(jù)報道，國家稅務(wù)總局深圳市坪山區(qū)稅務(wù)局根據(jù)稅收風(fēng)險分析時發(fā)現(xiàn)的企業(yè)費(fèi)用疑點(diǎn)，對D藥業(yè)公司實(shí)施稅收核查，確認(rèn)該企業(yè)因?qū)Χ惙ㄖ袕V告費(fèi)和業(yè)務(wù)宣傳費(fèi)(以下簡稱廣宣費(fèi))稅前扣除規(guī)定理解有誤，導(dǎo)致核查年度企業(yè)錯誤列支廣宣費(fèi)，少申報繳納企業(yè)所得稅。坪山區(qū)稅務(wù)局依法要求D藥業(yè)公司調(diào)整稅前列支費(fèi)用、調(diào)增應(yīng)納稅所得額，并作出補(bǔ)繳企業(yè)所得稅、加收滯納金121萬元的處理決定。

2023年，國家稅務(wù)總局深圳市坪山區(qū)稅務(wù)局通過大數(shù)據(jù)分析發(fā)現(xiàn)轄區(qū)D藥業(yè)公司2020—2022年銷售費(fèi)用占營業(yè)收入比例畸高（81.61%、76.31%、65.37%），但廣告及業(yè)務(wù)宣傳費(fèi)（廣宣費(fèi)）占比異常低下（僅0.04%-0.15%），進(jìn)一步穿透核查發(fā)現(xiàn)該企業(yè)將實(shí)質(zhì)用于產(chǎn)品推廣的綜合商務(wù)服務(wù)費(fèi)2,890萬元計(jì)入“其他”費(fèi)用科目，其發(fā)票品目為“現(xiàn)代服務(wù)推廣服務(wù)費(fèi)”，對應(yīng)上游企業(yè)提供的醫(yī)院渠道維護(hù)、連鎖藥店推廣等服務(wù)，但企業(yè)以合同無“廣告”字樣為由拒絕歸入廣宣費(fèi)科目，意圖規(guī)避醫(yī)藥制造企業(yè)廣宣費(fèi)不得超過營業(yè)收入30%的稅前扣除限制；稅務(wù)機(jī)關(guān)依據(jù)《廣告法》第二條“商業(yè)宣傳”實(shí)質(zhì)認(rèn)定標(biāo)準(zhǔn)及稅法實(shí)質(zhì)重于形式原則，穿透合同內(nèi)容證實(shí)相關(guān)服務(wù)均以產(chǎn)品推廣為目的，判定企業(yè)通過科目錯配隱匿超額廣宣費(fèi)支出，造成少繳企業(yè)所得稅，最終依法調(diào)增應(yīng)納稅所得額，追繳稅款及加收滯納金合計(jì)121萬元。

本案核心警示，醫(yī)藥企業(yè)利用費(fèi)用分類造假逃避稅基監(jiān)管的“形式合規(guī)”手段，已被稅務(wù)機(jī)關(guān)通過業(yè)務(wù)實(shí)質(zhì)穿透性核查精準(zhǔn)識別，行業(yè)稽查重點(diǎn)從票據(jù)真實(shí)性轉(zhuǎn)向業(yè)務(wù)實(shí)質(zhì)匹配性。

案例八：擬上市藥企A公司取得虛開推廣發(fā)票補(bǔ)稅案

在新浪財(cái)經(jīng)的一篇名為“‘兩票制’后，警惕部分藥企虛開風(fēng)險”的報道中揭示了一個某擬上市藥企因推廣服務(wù)外包的第三方合規(guī)性缺失而被稅務(wù)機(jī)關(guān)認(rèn)定為取得虛開發(fā)票進(jìn)而補(bǔ)稅的案件。

2021年9月，某擬上市藥企A公司在其《首次公開發(fā)行股票招股說明書》中，披露了該公司因取得虛開增值稅普通發(fā)票被要求補(bǔ)繳相關(guān)稅款、滯納金的情況。該公司委托沈某負(fù)責(zé)X區(qū)域的產(chǎn)品市場策劃及業(yè)務(wù)推廣活動。由于藥企原則上不與個人推廣商開展業(yè)務(wù)合作，沈某便以S公司名義，與藥企A公司簽訂了《市場推廣服務(wù)協(xié)議》。S公司完成推廣服務(wù)并經(jīng)過驗(yàn)收后，藥企A公司便向S公司支付了服務(wù)費(fèi)用，并取得了由S公司向其開具的服務(wù)費(fèi)增值稅普通發(fā)票。

根據(jù)企業(yè)所得稅法第八條規(guī)定，企業(yè)實(shí)際發(fā)生的與取得收入有關(guān)的、合理的支出，包括成本、費(fèi)用、稅金、損失和其他支出，準(zhǔn)予在計(jì)算應(yīng)納稅所得額時扣除。因此，藥企營銷成本稅前列支首先必須滿足實(shí)際發(fā)生，與取得收入有關(guān)且合理這三個實(shí)體性要件。成本的實(shí)際發(fā)生，應(yīng)當(dāng)由企業(yè)承擔(dān)證明責(zé)任。同時，根據(jù)《國家稅務(wù)總局關(guān)于發(fā)布〈企業(yè)所得稅稅前扣除憑證管理辦法〉的公告》（國家稅務(wù)總局公告2018年第28號）相關(guān)規(guī)定，藥企必須滿足取得增值稅發(fā)票作為稅前扣除憑證這一形式要件。

經(jīng)查，S公司為虛假注冊企業(yè)，且在納稅申報后直接走逃，遂認(rèn)定A公司為取得虛開增值稅普通發(fā)票，A公司補(bǔ)繳了相關(guān)稅款和滯納金。因?yàn)锳公司存在實(shí)際發(fā)生的市場推廣服務(wù)成本，未被定性為偷稅行為。

案例九：C醫(yī)藥制造企業(yè)過期藥損失直接稅前列支案

該案件由《中國稅務(wù)報》于2017年8月14日《五個典型案例揭示藥企常見稅務(wù)風(fēng)險》專題報道中披露。

在對C企業(yè)進(jìn)行檢查時，檢查人員發(fā)現(xiàn)C企業(yè)每年都銷毀大量的經(jīng)檢驗(yàn)不合格或超過保質(zhì)期的原料、產(chǎn)成品和過期藥品，企業(yè)在賬務(wù)上直接作為資產(chǎn)損失扣除處理，相應(yīng)存貨的進(jìn)項(xiàng)稅金未作轉(zhuǎn)出。進(jìn)一步檢查發(fā)現(xiàn)，企業(yè)資產(chǎn)損失清單申報材料中沒有藥監(jiān)部門和專業(yè)技術(shù)鑒定部門的證明資料，其他相關(guān)的內(nèi)部資料也不完備。

對此，C企業(yè)負(fù)責(zé)人解釋，按照增值稅暫行條例實(shí)施細(xì)則第二十四條規(guī)定，非正常損失指因管理不善造成被盜、丟失和霉?fàn)€變質(zhì)的損失。他們稅前列支的藥品是由于過保質(zhì)期和商品滯銷等原因被銷毀處理的，是正常損耗，不屬于非正常損失，因此不需要作進(jìn)項(xiàng)稅額轉(zhuǎn)出處理。

檢查人員認(rèn)為，對照增值稅暫行條例實(shí)施細(xì)則的規(guī)定分析，雖然制藥企業(yè)銷毀過期存貨是遵循質(zhì)量管理的要求，但此類銷毀不完全等同于條例細(xì)則中所說生產(chǎn)經(jīng)營中的合理損耗。這里的合理損耗一般指工藝損耗或保管中的自然揮發(fā)等合理的自然損耗。C企業(yè)出現(xiàn)較大批量的過期存貨，不排除經(jīng)營管理不善的原因，應(yīng)該認(rèn)定為非正常損失。與此相對應(yīng)，這些損失不能直接稅前列支。

案例十：A藥企八億餐費(fèi)偽裝會議費(fèi)偷稅案

該案件由《中國稅務(wù)報》于2017年8月14日《五個典型案例揭示藥企常見稅務(wù)風(fēng)險》專題報道中披露。

某稅務(wù)機(jī)關(guān)對大型醫(yī)藥制造企業(yè)A企業(yè)開展例行檢查，發(fā)現(xiàn)該企業(yè)“銷售費(fèi)用”下的二級科目“會議費(fèi)”列支金額占其“銷售費(fèi)用”70%以上。經(jīng)過進(jìn)一步調(diào)查，稽查人員發(fā)現(xiàn)，企業(yè)員工在“會議費(fèi)”中報銷的餐費(fèi)，竟占該二級科目金額的80%以上，而與會議相關(guān)的場地、交通、住宿和設(shè)備租賃等費(fèi)用合計(jì)不到20%。檢查人員按照該企業(yè)年均會議費(fèi)發(fā)生額估算，該醫(yī)藥企業(yè)近3年的餐費(fèi)竟高達(dá)近8億元，直接將50%的藥品制造毛利率水平拉低了近20個百分點(diǎn)，對此，檢查人員提出了質(zhì)疑。

該企業(yè)負(fù)責(zé)人解釋，此類會議是由本企業(yè)醫(yī)藥代表或營銷人員組織，由醫(yī)療衛(wèi)生專業(yè)人士參加的，旨在向與會人士提供產(chǎn)品信息或?qū)W術(shù)及醫(yī)教信息。費(fèi)用包括場地設(shè)備租金、交通費(fèi)、住宿費(fèi)和會議餐費(fèi)等。之所以餐費(fèi)占比過高，主要是此類會議大多為小型學(xué)術(shù)會議，召開地點(diǎn)大多在醫(yī)療機(jī)構(gòu)附近的餐館。雖然形式上是用餐，但實(shí)質(zhì)是借用餐館場地向被邀請的醫(yī)生介紹產(chǎn)品的藥效和臨床經(jīng)驗(yàn)等，屬于與經(jīng)營相關(guān)的正常業(yè)務(wù)宣傳，不屬于業(yè)務(wù)招待，因此在申報納稅時做了全額列支處理。

檢查人員認(rèn)為，雖然餐費(fèi)并不等同于業(yè)務(wù)招待費(fèi)，更不能簡單地理解其與正常經(jīng)營無關(guān)。但是，被查企業(yè)以餐費(fèi)發(fā)票作為核算會議費(fèi)的報銷憑據(jù)，會議的真實(shí)性難以解釋。同時，企業(yè)邀請函上注明的會議地點(diǎn)均在醫(yī)院科室內(nèi)部，舉辦時間在正常辦公時間內(nèi)，但餐費(fèi)的刷卡支付憑單中的時間基本為晚餐時間。另外，當(dāng)檢查人員試圖向被邀請的醫(yī)院科室求證時，均無法取得第三方能夠證明會議真實(shí)性的證據(jù)資料。

五、醫(yī)藥生產(chǎn)企業(yè)六大稅務(wù)風(fēng)險點(diǎn)

醫(yī)藥企業(yè)在經(jīng)營中面臨復(fù)雜的稅務(wù)風(fēng)險，尤其在當(dāng)前高壓監(jiān)管環(huán)境下，以下六大稅務(wù)風(fēng)險點(diǎn)需要高度警惕。

（一）采購農(nóng)產(chǎn)品增值稅抵扣的稅務(wù)風(fēng)險點(diǎn)

農(nóng)產(chǎn)品采購是醫(yī)藥企業(yè)生產(chǎn)運(yùn)營的關(guān)鍵樞紐，尤其對中藥飲片加工、中成藥制造、疫苗生產(chǎn)等企業(yè)而言，因其對天然植物原料、生物發(fā)酵底物及藥用輔料的需求龐大，使得該環(huán)節(jié)成為稅務(wù)風(fēng)險的高發(fā)區(qū)。

根據(jù)《財(cái)政部稅務(wù)總局海關(guān)總署關(guān)于深化增值稅改革有關(guān)政策的公告》規(guī)定，目前購進(jìn)農(nóng)產(chǎn)品計(jì)算進(jìn)項(xiàng)稅額的最新政策如下：一般規(guī)定：自2019年4月1日起，納稅人購進(jìn)農(nóng)產(chǎn)品，除取得增值稅專用發(fā)票或者海關(guān)進(jìn)口增值稅專用繳款書外，取得（開具）農(nóng)產(chǎn)品銷售發(fā)票或收購發(fā)票的，以農(nóng)產(chǎn)品銷售發(fā)票或收購發(fā)票上注明的農(nóng)產(chǎn)品買價和9%的扣除率計(jì)算進(jìn)項(xiàng)稅額。其計(jì)算公式為：進(jìn)項(xiàng)稅額=買價×9%。特殊規(guī)定：如果納稅人購進(jìn)農(nóng)產(chǎn)品用于生產(chǎn)或者委托加工13%稅率貨物，則在生產(chǎn)領(lǐng)用當(dāng)期，再加計(jì)抵扣1個百分點(diǎn)，即按照10%的扣除率計(jì)算進(jìn)項(xiàng)稅額。

目前，有一部分省份的醫(yī)藥企業(yè)被納入了農(nóng)產(chǎn)品增值稅進(jìn)項(xiàng)稅額采取核定扣除辦法的范圍之內(nèi)，例如，根據(jù)《國家稅務(wù)總局陜西省稅務(wù)局關(guān)于在中藥材生產(chǎn)加工行業(yè)試行農(nóng)產(chǎn)品增值稅進(jìn)項(xiàng)稅額核定扣除辦法的公告》，陜西省自2018年12月1日起，以購進(jìn)中藥材（初級農(nóng)產(chǎn)品）為原材料生產(chǎn)加工中藥飲片、中成藥、中藥配方顆粒、中藥提取物、中藥原料藥和經(jīng)典名方等醫(yī)藥產(chǎn)品的增值稅一般納稅人，適用農(nóng)產(chǎn)品增值稅進(jìn)項(xiàng)稅額核定扣除政策。核定方法具體包括投入產(chǎn)出法、成本法和參照法。

但是大部分省市的醫(yī)藥企業(yè)收購農(nóng)產(chǎn)品抵扣增值稅還是采取憑票抵扣和憑自行開具的農(nóng)產(chǎn)品銷售發(fā)票或收購發(fā)票計(jì)算抵扣的方式抵扣。針對上述抵扣方式，存在以下四項(xiàng)涉稅風(fēng)險：

第一，反向開票不規(guī)范。在開票對象上，農(nóng)產(chǎn)品收購發(fā)票只能向農(nóng)業(yè)生產(chǎn)者個人收購免稅農(nóng)產(chǎn)品時開具。如果錯誤地向非農(nóng)業(yè)生產(chǎn)者個人，如個體工商戶、農(nóng)產(chǎn)品經(jīng)銷單位等開具收購發(fā)票，或者在未核實(shí)清楚銷售方身份的情況下就開具發(fā)票，會導(dǎo)致發(fā)票不符合抵扣規(guī)定，面臨進(jìn)項(xiàng)稅額不得抵扣、甚至被認(rèn)定為虛開發(fā)票的風(fēng)險。在開票內(nèi)容上，由于收購發(fā)票是企業(yè)自行開具，部分企業(yè)為了多抵扣進(jìn)項(xiàng)稅額，存在虛增收購數(shù)量、抬高收購價格等情況，或者未如實(shí)填寫農(nóng)產(chǎn)品的名稱、規(guī)格等信息。其中，值得強(qiáng)調(diào)的一點(diǎn)是，收購過程中的人工費(fèi)、運(yùn)保費(fèi)、裝卸費(fèi)等其他費(fèi)用是不能計(jì)入收購價格，這種行為屬于偷稅漏稅，一旦被稅務(wù)機(jī)關(guān)查實(shí)，將面臨嚴(yán)重的處罰。

第二，貨物來源未核查清楚。如果收購的農(nóng)產(chǎn)品并非是農(nóng)業(yè)生產(chǎn)者自產(chǎn)的，而是從批發(fā)、零售環(huán)節(jié)購進(jìn)的，開具的收購發(fā)票是不得作為計(jì)算抵扣進(jìn)項(xiàng)稅額憑證的。企業(yè)如果錯誤地進(jìn)行了抵扣，就會產(chǎn)生稅務(wù)風(fēng)險。

第三，沒有留存?zhèn)洳橘Y料。納稅人應(yīng)按規(guī)定妥善保管相關(guān)原始憑證以備查驗(yàn)，如農(nóng)業(yè)生產(chǎn)者的身份證復(fù)印件、收購農(nóng)產(chǎn)品的過磅單、入庫單、收付款憑證等，以證明業(yè)務(wù)的真實(shí)性。如果沒有留存這些資料，可能會被稅務(wù)機(jī)關(guān)認(rèn)定為虛構(gòu)業(yè)務(wù)虛開。

第四，沒有將購進(jìn)同時用于簡易計(jì)稅項(xiàng)目和一般計(jì)稅項(xiàng)目的農(nóng)產(chǎn)品分別核算。增值稅一般納稅人生產(chǎn)銷售和批發(fā)、零售抗癌藥品、罕見病藥品，可選擇按照簡易辦法依照3%征收率計(jì)算繳納增值稅。同時，用于簡易計(jì)稅方法計(jì)稅項(xiàng)目的購進(jìn)貨物、勞務(wù)、服務(wù)、無形資產(chǎn)和不動產(chǎn)，其進(jìn)項(xiàng)稅額不得從銷項(xiàng)稅額中抵扣。如果醫(yī)藥企業(yè)購進(jìn)的農(nóng)產(chǎn)品既用于一般計(jì)稅項(xiàng)目，又用于簡易計(jì)稅項(xiàng)目，未分別核算的話，那么按照規(guī)定，就需要將用于簡易計(jì)稅項(xiàng)目部分對應(yīng)的進(jìn)項(xiàng)稅額進(jìn)行轉(zhuǎn)出。若企業(yè)未及時轉(zhuǎn)出，一旦被稅務(wù)機(jī)關(guān)發(fā)現(xiàn)，就需要補(bǔ)繳稅款，還可能會被加收滯納金。

（二）研發(fā)費(fèi)用加計(jì)扣除的稅務(wù)風(fēng)險點(diǎn)

醫(yī)藥行業(yè)作為典型的技術(shù)密集型產(chǎn)業(yè)，其研發(fā)活動具有周期長、投入高的顯著特點(diǎn)，這使得行業(yè)對稅收優(yōu)惠政策存在較強(qiáng)依賴以緩解資金壓力。

研發(fā)費(fèi)用加計(jì)扣除政策規(guī)定：自2023年1月1日起，企業(yè)開展研發(fā)活動中實(shí)際發(fā)生的研發(fā)費(fèi)用，未形成無形資產(chǎn)計(jì)入當(dāng)期損益的，在按規(guī)定據(jù)實(shí)扣除的基礎(chǔ)上，再按照實(shí)際發(fā)生額的100%在稅前加計(jì)扣除；形成無形資產(chǎn)的，按照無形資產(chǎn)成本的200%在稅前攤銷。企業(yè)享受優(yōu)惠事項(xiàng)采取“自行判別、申報享受、相關(guān)資料留存?zhèn)洳椤钡霓k理方式，因此這一政策在激勵創(chuàng)新的同時，也因稅務(wù)處理的復(fù)雜性帶來了一定風(fēng)險。醫(yī)藥企業(yè)可能因政策理解偏差或操作疏漏觸發(fā)稽查，具體風(fēng)險點(diǎn)集中于研發(fā)費(fèi)用歸集口徑的非故意混淆。

在自行研發(fā)費(fèi)用歸集環(huán)節(jié)，研發(fā)活動與常規(guī)生產(chǎn)經(jīng)營活動的邊界界定模糊是首要風(fēng)險。部分企業(yè)將生產(chǎn)設(shè)備維護(hù)費(fèi)、藥品常規(guī)質(zhì)量檢測費(fèi)等計(jì)入研發(fā)費(fèi)用，但是，根據(jù)財(cái)稅〔2015〕119號文，“常規(guī)性技術(shù)升級”與“直接應(yīng)用現(xiàn)有成果”不屬于研發(fā)活動范疇，研發(fā)活動需滿足創(chuàng)新性、系統(tǒng)性、不確定性的要素要求。

進(jìn)一步，在具體的研發(fā)費(fèi)用構(gòu)成里，“人員人工費(fèi)用”歸集不實(shí)和“其他相關(guān)費(fèi)用”問題較為突出：如，將非直接參與研發(fā)活動人員（高管、行政人員)工資計(jì)入研發(fā)費(fèi)用；對兼職研發(fā)人員未按實(shí)際工時分配工資而全額計(jì)入；誤將職工福利費(fèi)等歸入人工費(fèi)用（此類支出應(yīng)納入“其他相關(guān)費(fèi)用”并受10%比例限制）;“其他相關(guān)費(fèi)用”，如通訊費(fèi)、差旅費(fèi)，超過可加計(jì)扣除研發(fā)費(fèi)用總額10%。

此外，值得注意的是，在研發(fā)活動中，有一些收入是需要在適用加計(jì)抵減政策時沖減加計(jì)抵減基數(shù)的，如研發(fā)樣品銷售收入、研發(fā)廢料處置收入、財(cái)政專項(xiàng)補(bǔ)貼等特殊收入。如果企業(yè)沒有將這些特殊收入在加計(jì)抵減基數(shù)中扣除，可以會被追繳稅款及加收滯納金。

委托研發(fā)費(fèi)用歸集環(huán)節(jié)的風(fēng)險則與限額加計(jì)扣除和證據(jù)鏈完整性密切相關(guān)。如果是委托境內(nèi)研發(fā)，企業(yè)應(yīng)該按實(shí)際支付費(fèi)用的80%計(jì)入加計(jì)扣除基數(shù)。但常因委托合同未按規(guī)定經(jīng)科技部門登記而喪失扣除資格。此外，若知識產(chǎn)權(quán)歸受托方所有，委托方亦不得享受加計(jì)扣除。而且企業(yè)在享受委托研發(fā)加計(jì)扣除時，應(yīng)留存委托合同、付款憑證、研發(fā)成果交付證明等證據(jù)鏈，如果未留存以上證據(jù)，有可能被稅務(wù)機(jī)關(guān)追繳稅款。如果是委托境外研發(fā)，加計(jì)扣除基數(shù)為實(shí)際發(fā)生額的80%，且不得超過境內(nèi)符合條件研發(fā)費(fèi)用的三分之二。但是，企業(yè)常因未完成技術(shù)合同登記、未留存跨境支付憑證及外方研發(fā)資質(zhì)文件而被認(rèn)定虛列費(fèi)用；此外，若受托方為關(guān)聯(lián)企業(yè)，還需證明費(fèi)用分?jǐn)偡溪?dú)立交易原則，避免因關(guān)聯(lián)交易定價不合理引發(fā)風(fēng)險。

以上這些風(fēng)險的核心在于企業(yè)對研發(fā)費(fèi)用歸集的政策細(xì)節(jié)理解不到位，以及證據(jù)鏈管理的疏漏，即便主觀無逃稅意圖，仍可能因操作合規(guī)性不足觸發(fā)稅務(wù)稽查。

（三）資產(chǎn)損失處理的稅收風(fēng)險點(diǎn)

藥品關(guān)乎國民健康，國家要求藥企必須執(zhí)行GMP藥品生產(chǎn)質(zhì)量管理規(guī)范。在此嚴(yán)格要求之下，醫(yī)藥企業(yè)在生產(chǎn)經(jīng)營中面臨原材料變質(zhì)不合規(guī)、藥品過期強(qiáng)制銷毀等資產(chǎn)損失的概率顯著高于一般行業(yè)。但是，無論是增值稅還是企業(yè)所得稅，關(guān)于資產(chǎn)損失的稅務(wù)處理都是較為復(fù)雜的。如果醫(yī)藥企業(yè)沒有按照規(guī)定進(jìn)行處理，就會產(chǎn)生涉稅風(fēng)險，從未造成需要補(bǔ)繳稅款及滯納金甚至被行政處罰的危險局面。

在增值稅方面，依據(jù)《增值稅暫行條例》第十條，將損失分為正常損失和非正常損失。前者對應(yīng)的進(jìn)項(xiàng)稅額可抵扣，后者則需作進(jìn)項(xiàng)轉(zhuǎn)出。醫(yī)藥企業(yè)常因混淆二者而錯誤轉(zhuǎn)出或未轉(zhuǎn)出，從而面臨補(bǔ)稅、滯納金及0.5-5倍罰款。

關(guān)于藥品過期的增值稅處理，《安徽省國稅局關(guān)于若干增值稅政策和管理問題的通知》（皖國稅函[2008]10號）中就關(guān)于存貨進(jìn)項(xiàng)稅額轉(zhuǎn)出問題研究并請示國家稅務(wù)總局，明確規(guī)定：納稅人因庫存商品已過保質(zhì)期、商品滯銷或被淘汰等原因，將庫存貨物報廢或低價銷售處理的，不屬于非正常損失，不需要作進(jìn)項(xiàng)稅額轉(zhuǎn)出處理。也就是說，醫(yī)藥企業(yè)的藥品因?yàn)檎Ｓ行诘狡谛枰N毀的，屬于正常經(jīng)營損失，無需作進(jìn)項(xiàng)稅額轉(zhuǎn)出。但是如果是因管理不善，如庫存積壓、未及時輪換，導(dǎo)致的藥品過期，是屬于非正常經(jīng)營損失，需作進(jìn)項(xiàng)稅額轉(zhuǎn)出。由此引發(fā)一個問題，如何證明是正常有效期到期，而不是因管理不善導(dǎo)致過期呢？醫(yī)藥企業(yè)需要保存藥品有效期臺賬、銷毀視頻、管理層審批單等證據(jù)來應(yīng)對這個爭議。如果是保管不當(dāng)造成的損失，如藥品被盜、霉變、運(yùn)輸損壞等，屬于“非正常損失”，需作作進(jìn)項(xiàng)稅額轉(zhuǎn)出。

在企業(yè)所得稅方面，根據(jù)《企業(yè)資產(chǎn)損失所得稅稅前除管理辦法》（國家稅務(wù)總局公告2011年第25號），損失分為實(shí)際資產(chǎn)損失（已實(shí)際處置，如固定資產(chǎn)報廢）和法定資產(chǎn)損失（未處置但符合法定條件，如壞賬損失）。醫(yī)藥企業(yè)主要風(fēng)險點(diǎn)在實(shí)際資產(chǎn)損失方面。首先，需要明確哪些是可以稅前扣除的，哪些是不可以稅前扣除的。可以稅前扣除的損失情形如下：對于實(shí)際發(fā)生的損失，需提供充分證據(jù)，如過期藥品銷毀記錄、第三方鑒定報告；對于研發(fā)設(shè)備損毀造成的研發(fā)失敗損失，根據(jù)《國家稅務(wù)總局關(guān)于研發(fā)費(fèi)用稅前加計(jì)扣除歸集范圍有關(guān)問題的公告》（國家稅務(wù)總局公告2017年第40號）中規(guī)定失敗的研發(fā)活動所發(fā)生的研發(fā)費(fèi)用可享受稅前加計(jì)扣除政策，因此該未形成無形資產(chǎn)的研發(fā)失敗損失也是可100%加計(jì)扣除；等等。不可扣除的情形具體如下：未按規(guī)定備查的資料，如缺乏損失原因說明、內(nèi)部審批文件、公安機(jī)關(guān)報案記錄、責(zé)任認(rèn)定書等證據(jù)；行政處罰導(dǎo)致的損失，如因違規(guī)被沒收、銷毀的藥品；關(guān)聯(lián)方交易不公允的損失等。其次，實(shí)際資產(chǎn)損失需在發(fā)生年度扣除，未及時扣除的話可以追補(bǔ)至損失發(fā)生年度，但是最長不超過5年。

（四）賬簿上不列、不及時、少列收入稅收風(fēng)險點(diǎn)

醫(yī)藥企業(yè)在收入確認(rèn)環(huán)節(jié)面臨復(fù)雜的涉稅風(fēng)險，尤其在“兩票制”改革、電商渠道擴(kuò)張及多元化營銷策略背景下，賬簿上不列、不及時、少列收入的操作疏漏易觸發(fā)稅務(wù)稽查。

首先是收入收取賬戶不合規(guī)引發(fā)的隱匿風(fēng)險。第三方支付工具的普及使醫(yī)藥企業(yè)收入隱匿形式更趨隱蔽，部分企業(yè)通過微信、支付寶等渠道收取零售藥款后直接轉(zhuǎn)入個人賬戶，或利用員工賬戶分流線上銷售收入，規(guī)避對公賬戶監(jiān)管。根據(jù)《企業(yè)所得稅法》第六條及《稅收征收管理法》第十七條，此類操作因資金流脫離企業(yè)賬簿構(gòu)成收入不入賬的典型違規(guī)。某連鎖藥企因?qū)⒕€上平臺銷售的800萬元款項(xiàng)滯留個人支付寶賬戶超過12個月，被認(rèn)定為故意隱匿收入，追繳稅款并處0.8倍罰款。進(jìn)一步，更深層風(fēng)險在于，若個人賬戶收款對應(yīng)銷售已開具增值稅發(fā)票，將形成“資金流與發(fā)票流分離”，可能被推定虛開發(fā)票。

其次是收入確認(rèn)時點(diǎn)錯配導(dǎo)致的滯納風(fēng)險。“兩票制”改革要求藥企與醫(yī)療機(jī)構(gòu)之間的交易只能通過單一的藥品經(jīng)銷商進(jìn)行，使得藥品流通環(huán)節(jié)得到顯著簡化。這一改革推動醫(yī)藥企業(yè)轉(zhuǎn)向直銷模式，在這一模式下，醫(yī)藥企業(yè)收到貨款周期普遍延長至6個月以上。但是部分醫(yī)藥企業(yè)會簡單地認(rèn)為收到貨款時才需要確認(rèn)收入，同時也會混淆增值稅與企業(yè)所得稅的納稅義務(wù)發(fā)生時間規(guī)則。在增值稅層面，根據(jù)《增值稅暫行條例》第十九條，賒銷方式下納稅義務(wù)發(fā)生時間為為書面合同約定的收款日期的當(dāng)天，無書面合同的或者書面合同沒有約定收款日期的，為貨物發(fā)出的當(dāng)天。在企業(yè)所得稅層面，采用預(yù)收款方式銷售的應(yīng)該在發(fā)出商品時確認(rèn)收入，部分醫(yī)藥企業(yè)可能會將已收款但未開票的銷售長期掛賬“預(yù)收賬款”，導(dǎo)致應(yīng)稅收入遞延違規(guī)。

最后是視同銷售處理疏漏造成的少列風(fēng)險。醫(yī)藥企業(yè)為激勵經(jīng)銷商或醫(yī)院采購，常采用銷售返點(diǎn)、實(shí)物折扣等方式。對于銷售返點(diǎn)行為，需要按照規(guī)定折扣發(fā)票。對于實(shí)物折扣行為，在增值稅方面，醫(yī)藥企業(yè)需要根據(jù)《增值稅暫行條例實(shí)施細(xì)則》的規(guī)定，進(jìn)行視同銷售處理，按同期同類價格確認(rèn)銷售額。在企業(yè)所得稅方面，如果企業(yè)以買一贈一、捆綁銷售等方式組合銷售本企業(yè)藥品的，不屬于捐贈行為，無需視同銷售；如果實(shí)物折扣不符合組合銷售定義，則需按《企業(yè)所得稅法實(shí)施條例》第二十五條處理，將貨物用于捐贈、贊助、樣品等用途，因資產(chǎn)所有權(quán)轉(zhuǎn)移，需按公允價值視同銷售確認(rèn)收入。另外，在試驗(yàn)階段，部分醫(yī)藥企業(yè)會提供給醫(yī)療機(jī)構(gòu)試驗(yàn)用藥，樣品藥。實(shí)務(wù)中部分醫(yī)藥企業(yè)會進(jìn)行以下錯誤處理，導(dǎo)致面臨稅務(wù)風(fēng)險：對臨床試驗(yàn)用藥品僅按成本價核算，未按市場價計(jì)提銷項(xiàng)稅；對免費(fèi)提供給醫(yī)療機(jī)構(gòu)的樣品藥，未參考“最近時期同類貨物平均銷售價格”核定收入，而是直接采用成本加成法，導(dǎo)致計(jì)稅價格明顯偏低。

（五）銷售費(fèi)用的稅收風(fēng)險點(diǎn)

醫(yī)藥市場作為典型的買方市場，長期呈現(xiàn)高銷售費(fèi)用密集型特征。在“兩票制”改革驅(qū)動下，藥品流通環(huán)節(jié)大幅壓縮，原本由經(jīng)銷商承擔(dān)的銷售及推廣費(fèi)用加速向制藥企業(yè)出廠環(huán)節(jié)轉(zhuǎn)移，導(dǎo)致藥企銷售費(fèi)用率持續(xù)攀升。在此背景下，學(xué)術(shù)推廣、會議咨詢等費(fèi)用真實(shí)性成為稅務(wù)監(jiān)管焦點(diǎn)，在實(shí)務(wù)中，醫(yī)藥企業(yè)因CSO模式虛開發(fā)票、廣宣費(fèi)科目錯配、傭金支付合規(guī)性缺位等操作疏漏，易觸碰稽查紅線。

首先是CSO（合同銷售組織）模式下的費(fèi)用真實(shí)性風(fēng)險。CSO公司作為醫(yī)藥企業(yè)委托推廣的常見載體，其費(fèi)用列支易因“形式合規(guī)、實(shí)質(zhì)虛增”引發(fā)風(fēng)險。其核心矛盾在于：企業(yè)向醫(yī)藥代表支付傭金或隱性推廣費(fèi)用時，常借助CSO開具“推廣服務(wù)費(fèi)”發(fā)票入賬，卻因未嚴(yán)格審核業(yè)務(wù)真實(shí)性，導(dǎo)致虛構(gòu)服務(wù)鏈條與資金回流風(fēng)險。例如，部分企業(yè)與CSO簽訂虛假推廣合同后，資金經(jīng)CSO私戶回流至藥代或關(guān)聯(lián)方賬戶，形成“公轉(zhuǎn)私—回流”閉環(huán)，且未留存會議簽到表、現(xiàn)場照片等證明材料，被稅務(wù)機(jī)關(guān)直接認(rèn)定業(yè)務(wù)虛假。如重慶某藥企因CSO虛開會議發(fā)票被罰，企業(yè)書面承認(rèn)“未實(shí)際舉辦會議”。此外，上游CSO若為稅收洼地空殼公司（如參保人數(shù)為0、無實(shí)際經(jīng)營地址），其虛開行為暴露后，藥企作為受票方會被強(qiáng)制轉(zhuǎn)出進(jìn)項(xiàng)稅額并調(diào)增應(yīng)納稅所得額，如內(nèi)蒙古60億元虛開案中22家藥企受牽連。資金流向監(jiān)控失效亦為關(guān)鍵風(fēng)險，某藥企向CSO支付380萬元“推廣費(fèi)”后，資金被轉(zhuǎn)至醫(yī)院負(fù)責(zé)人賬戶用于商業(yè)賄賂，稅務(wù)機(jī)關(guān)通過銀行流水追蹤，認(rèn)定企業(yè)通過虛開發(fā)票轉(zhuǎn)移資金，最終追繳稅款并處0.5倍罰款。此類風(fēng)險的本質(zhì)在于，企業(yè)對CSO服務(wù)的“形式合規(guī)”與“實(shí)質(zhì)合規(guī)”要求理解不足，僅關(guān)注合同簽訂而忽視服務(wù)軌跡核查，最終因證據(jù)鏈缺失或資金異常觸發(fā)稽查。

其次是廣宣費(fèi)列支的科目錯配風(fēng)險。醫(yī)藥企業(yè)廣宣費(fèi)需遵循“不超過當(dāng)年銷售（營業(yè)）收入30%”的扣除限額，但部分企業(yè)由于對廣告宣傳費(fèi)的具體范圍不了解而錯配科目，導(dǎo)致面臨補(bǔ)稅的稅務(wù)風(fēng)險。此類風(fēng)險的核心在于企業(yè)對廣宣費(fèi)“實(shí)質(zhì)重于形式”的認(rèn)定標(biāo)準(zhǔn)理解不足，單純以合同文字表述而非服務(wù)內(nèi)容界定科目屬性。此外，會議費(fèi)與業(yè)務(wù)招待費(fèi)的邊界混淆亦為高頻風(fēng)險場景。某大型藥企“會議費(fèi)”占銷售費(fèi)用比例達(dá)70%，其中80%為員工報銷餐費(fèi)，且會議時間與地點(diǎn)存在矛盾（邀請函注明醫(yī)院科室辦公時間，餐費(fèi)支付卻為晚餐時段），又無法提供第三方參會證明材料，最終被認(rèn)定為“以會議名義列支業(yè)務(wù)招待費(fèi)”，調(diào)增應(yīng)納稅所得額8億元并補(bǔ)繳稅款2億元。此外，咨詢費(fèi)列支中，部分企業(yè)向關(guān)聯(lián)方支付“市場調(diào)研費(fèi)”等費(fèi)用時，未留存咨詢報告、調(diào)研數(shù)據(jù)等成果文件，因缺乏業(yè)務(wù)實(shí)質(zhì)支撐被認(rèn)定為虛列費(fèi)用。這些風(fēng)險均反映出企業(yè)在費(fèi)用科目歸類時，過度依賴發(fā)票品目或合同形式，忽視對業(yè)務(wù)實(shí)質(zhì)的穿透核查，以及證據(jù)鏈完整性管理的重要性，最終因科目錯配引發(fā)稅務(wù)稽查。

最后是傭金與回扣的合規(guī)性邊界風(fēng)險。醫(yī)藥企業(yè)支付給經(jīng)銷商或個人的傭金需符合《財(cái)政部國家稅務(wù)總局關(guān)于企業(yè)手續(xù)費(fèi)及傭金支出稅前扣除政策的通知》（財(cái)稅〔2009〕29號），但實(shí)務(wù)中常因“支付對象不合法”“比例超限”觸發(fā)風(fēng)險。而且，如果是個人推廣員支付傭金，企業(yè)還需要履行代扣代繳義務(wù)，否則會被處以50%至3倍的罰款。更敏感的風(fēng)險在于“回扣資金體外循環(huán)”，如某企業(yè)通過員工個人賬戶向醫(yī)生支付“處方費(fèi)”，資金流與發(fā)票流脫節(jié)，被認(rèn)定為商業(yè)賄賂并移送司法機(jī)關(guān)。

（六）相關(guān)稅收優(yōu)惠的稅收風(fēng)險點(diǎn)

醫(yī)藥行業(yè)作為國家重點(diǎn)扶持的戰(zhàn)略性新興產(chǎn)業(yè)，享受著較為豐富的稅收優(yōu)惠政策，主要包括高新技術(shù)企業(yè)15%企業(yè)所得稅優(yōu)惠稅率、“公司+農(nóng)戶”經(jīng)營模式下農(nóng)產(chǎn)品初加工收入免稅等。這些政策在降低企業(yè)資金壓力的同時，也因政策適用條件復(fù)雜、業(yè)務(wù)場景特殊，使企業(yè)因政策理解偏差或操作細(xì)節(jié)疏漏陷入稅務(wù)風(fēng)險。

首先是高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定的稅收合規(guī)風(fēng)險。高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定涉及研發(fā)人員占比、研發(fā)費(fèi)用歸集、知識產(chǎn)權(quán)取得等多維度指標(biāo)，企業(yè)常因指標(biāo)核算不規(guī)范或材料報送瑕疵觸發(fā)風(fēng)險。根據(jù)《高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定管理辦法》，企業(yè)需滿足研發(fā)人員占比不低于10%、近三年研發(fā)費(fèi)用占銷售收入比例達(dá)標(biāo)等條件，但部分企業(yè)在人員統(tǒng)計(jì)時將行政崗、生產(chǎn)崗等非研發(fā)人員誤計(jì)入研發(fā)團(tuán)隊(duì)，或未按實(shí)際工時分配兼職研發(fā)人員薪酬，導(dǎo)致人員結(jié)構(gòu)不符合要求。在研發(fā)費(fèi)用歸集環(huán)節(jié)，企業(yè)易將生產(chǎn)設(shè)備日常維護(hù)費(fèi)、常規(guī)質(zhì)量檢測費(fèi)等非直接研發(fā)支出計(jì)入研發(fā)費(fèi)用，或未按《高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定管理工作指引》要求分項(xiàng)目建立費(fèi)用臺賬，導(dǎo)致研發(fā)費(fèi)用占比不達(dá)標(biāo)。更隱蔽的風(fēng)險在于未及時報告重大變更，如某企業(yè)并購后母子公司研發(fā)人員混同，導(dǎo)致核心知識產(chǎn)權(quán)歸屬不清，被認(rèn)定不符合“自主知識產(chǎn)權(quán)”要求。此外，企業(yè)須每年5月底前填報《高新技術(shù)企業(yè)年度發(fā)展情況表》，連續(xù)兩年未報即觸發(fā)資格復(fù)核。

其次是“公司+農(nóng)戶”經(jīng)營模式的稅收操作風(fēng)險。“公司+農(nóng)戶”模式作為醫(yī)藥企業(yè)中藥材種植環(huán)節(jié)的常見組織形式，享受農(nóng)產(chǎn)品初加工收入免稅及農(nóng)產(chǎn)品收購發(fā)票抵扣政策，但部分企業(yè)因虛構(gòu)交易鏈條或憑證管理缺失引發(fā)稽查。這一風(fēng)險的本質(zhì)在于，企業(yè)對優(yōu)惠政策的“形式合規(guī)”與“實(shí)質(zhì)合規(guī)”要求理解不充分，僅關(guān)注政策表面條件而忽視操作細(xì)節(jié)。根據(jù)《關(guān)于發(fā)布〈企業(yè)所得稅優(yōu)惠政策事項(xiàng)辦理辦法〉的公告》（國家稅務(wù)總局公告2015年第76號），該模式需滿足“企業(yè)提供種苗、技術(shù)指導(dǎo)，農(nóng)戶負(fù)責(zé)種植，產(chǎn)品由企業(yè)統(tǒng)一回收”的實(shí)質(zhì)要件。部分企業(yè)通過私人賬戶向“農(nóng)戶”支付“收購款”后，資金經(jīng)關(guān)聯(lián)方回流至企業(yè)，形成虛假交易閉環(huán)。這一做法違背了資金流與業(yè)務(wù)流的真實(shí)性，可能會引發(fā)稅務(wù)機(jī)關(guān)對優(yōu)惠資格的重新核定。或在發(fā)票開具時未注明中藥材具體品種、種植地塊、收購數(shù)量等細(xì)節(jié)，導(dǎo)致發(fā)票內(nèi)容與實(shí)際業(yè)務(wù)脫節(jié)。企業(yè)若將中藥材粗加工（如切片、烘干）以外的深加工環(huán)節(jié)收入混入免稅收入，可能被認(rèn)定為違規(guī)享受優(yōu)惠。此外，稅收優(yōu)惠備案與留存?zhèn)洳橘Y料的完整性至關(guān)重要，根據(jù)《企業(yè)所得稅優(yōu)惠事項(xiàng)管理目錄》，“公司+農(nóng)戶”模式需留存農(nóng)戶名冊、種植協(xié)議、收購憑證等資料至少10年。

*本文摘自于《整治風(fēng)暴下，醫(yī)藥企業(yè)稅務(wù)合規(guī)指引（2025版）》，下一期將更新第六、七分內(nèi)容“醫(yī)藥生產(chǎn)企業(yè)稅務(wù)風(fēng)險成因“、“醫(yī)藥生產(chǎn)企業(yè)稅務(wù)合規(guī)建議”，全文目錄如下：

目 錄

前言

一、醫(yī)藥生產(chǎn)企業(yè)及發(fā)展概況

（一）醫(yī)藥行業(yè)與醫(yī)藥生產(chǎn)企業(yè)

（二）醫(yī)藥行業(yè)產(chǎn)業(yè)鏈

（三）2024年中國醫(yī)藥行業(yè)發(fā)展概況

二、醫(yī)藥領(lǐng)域不正之風(fēng)整治與稅務(wù)監(jiān)管

（一）新醫(yī)改的目標(biāo)和定位

（二）不正之風(fēng)整治

（三）不正之風(fēng)整治效果

（四）2025年，醫(yī)療領(lǐng)域整頓持續(xù)保持高壓

三、中國稅制改革與監(jiān)管變化對醫(yī)藥生產(chǎn)企業(yè)的影響

（一）“兩票制”

（二）營改增

（三）金稅四期和信息透明時代的稅務(wù)監(jiān)管

四、醫(yī)藥生產(chǎn)企業(yè)十大典型稅務(wù)案例

案例一：四川云亳堂藥業(yè)虛假中藥材采購虛開發(fā)票案

案例二：貴州某藥業(yè)虛構(gòu)中藥材采購虛開發(fā)票及少計(jì)收入偷稅案

案例三：上海某生物醫(yī)藥虛報研發(fā)費(fèi)用加計(jì)扣除偷稅案

案例四：黑龍江某華醫(yī)藥企業(yè)虛構(gòu)交易虛開發(fā)票偷稅案

案例五：朗×醫(yī)藥科技取得虛開普票被追繳稅款并處罰款加收滯納金案

案例六：上海心×醫(yī)療因未填報高企年度報表被取消資格補(bǔ)稅案

案例七：深圳D藥業(yè)通過科目錯配隱匿廣宣費(fèi)支出偷稅案

案例八：擬上市藥企A公司取得虛開推廣發(fā)票補(bǔ)稅案

案例九：C醫(yī)藥制造企業(yè)過期藥損失直接稅前列支案

案例十：A藥企八億餐費(fèi)偽裝會議費(fèi)偷稅案

五、醫(yī)藥生產(chǎn)企業(yè)六大稅務(wù)風(fēng)險點(diǎn)

（一）采購農(nóng)產(chǎn)品增值稅抵扣的稅務(wù)風(fēng)險點(diǎn)

（二）研發(fā)費(fèi)用加計(jì)扣除的稅務(wù)風(fēng)險點(diǎn)

（三）資產(chǎn)損失處理的稅收風(fēng)險點(diǎn)

（四）賬簿上不列、不及時、少列收入稅收風(fēng)險點(diǎn)

（五）銷售費(fèi)用的稅收風(fēng)險點(diǎn)

（六）相關(guān)稅收優(yōu)惠的稅收風(fēng)險點(diǎn)

六、醫(yī)藥生產(chǎn)企業(yè)稅務(wù)風(fēng)險成因

（一）內(nèi)部管理缺陷

（二）外部稅收政策與監(jiān)管環(huán)境變化

七、醫(yī)藥生產(chǎn)企業(yè)稅務(wù)合規(guī)建議

（一）建立內(nèi)部稅務(wù)合規(guī)培訓(xùn)機(jī)制

（二）加強(qiáng)推廣商審查與合同管理

（三）加強(qiáng)發(fā)票合規(guī)管理

（四）積極應(yīng)對稅務(wù)檢查

（五）及時采取稅務(wù)救濟(jì)手段

（六）聘請稅務(wù)專業(yè)人士

八、明稅觀察

法律聲明

聯(lián)系明稅

版權(quán)說明

本文為明稅研究中心原創(chuàng)內(nèi)容，若需要轉(zhuǎn)載請聯(lián)系我們，關(guān)注【明稅】訂閱更多內(nèi)容。