一篇文章被質(zhì)疑其發(fā)現(xiàn)的新細(xì)胞根本不存在，隨后被Nature撤稿

2025年7月9日，在作者反對(duì)的情況下，《Nature》撤回了一篇發(fā)表于2022年的關(guān)于髓母細(xì)胞瘤細(xì)胞起源的論文，因?yàn)榱硪华?dú)立研究團(tuán)隊(duì)進(jìn)行的重新分析對(duì)該論文的關(guān)鍵發(fā)現(xiàn)提出了質(zhì)疑。重新分析文章作為“Matters Arising”類型的文章，與撤稿通知同時(shí)發(fā)表。

Matters Arising：通常指的是針對(duì)已發(fā)表論文的正式評(píng)論或質(zhì)疑，需經(jīng)過同行評(píng)審，以確保學(xué)術(shù)質(zhì)量和準(zhǔn)確性。

圖.撤稿文章

鏈接：https://www.《Nature》.com/articles/s41586-022-05487-2

這篇已被撤稿的論文，通過對(duì)人類胎兒小腦進(jìn)行單細(xì)胞測(cè)序，鑒定出一種此前未知的過渡性小腦祖細(xì)胞（transitional cerebellar progenitor, TCP）。該試驗(yàn)由兒科學(xué)教授Q. Richard Lu主導(dǎo)。論文中，髓母細(xì)胞瘤樣本的單細(xì)胞分析顯示“TCP細(xì)胞的比例大幅增加”，這表明這些細(xì)胞可能參與了癌癥的發(fā)展。根據(jù)Web of Science數(shù)據(jù)，該論文已被引用27次。

圖.重新分析的文章

鏈接：https://www.《Nature》.com/articles/s41586-025-09247-w

重新分析顯示，這種細(xì)胞類型可能根本不存在。這項(xiàng)重新分析由Paul Northcott主導(dǎo)。論文中，該團(tuán)隊(duì)表示在一份獨(dú)立的小腦分析圖譜中未能找到這種細(xì)胞存在的證據(jù)；而且在Q. Richard Lu的原始圖譜數(shù)據(jù)中，被視作TCP標(biāo)記基因的HNRNPH1、SOX11和CTNNB1在“TCP和非TCP細(xì)胞中的比例相似”。

此外，2022年研究中，TCP細(xì)胞“檢測(cè)轉(zhuǎn)錄本的核比例很低”，獨(dú)特的分子標(biāo)識(shí)符（unique molecular identifier）計(jì)數(shù)也很低。重新分析指出，這些特征“與環(huán)境RNA污染情況一致，這種污染主要來自單個(gè)供體”。

圖.撤稿聲明

鏈接：https://www.《Nature》.com/articles/s41586-025-09015-w

撤稿通知指出，對(duì)TCP細(xì)胞證據(jù)不足的擔(dān)憂引起了編輯關(guān)注。發(fā)表后同行評(píng)審“對(duì)論文一個(gè)關(guān)鍵的結(jié)論提出了質(zhì)疑”，從而撤回了該文章。

撤稿論文的作者Q. Richard Lu表示，他和其他作者均不認(rèn)可這篇重新分析的發(fā)現(xiàn)，也不同意《Nature》的撤稿決定。他認(rèn)為這些爭(zhēng)議“屬于學(xué)術(shù)規(guī)范的范疇”，還沒有到需要撤稿的地步。他強(qiáng)調(diào)“這是一場(chǎng)學(xué)術(shù)爭(zhēng)論，而不是犯的錯(cuò)誤” 。

Q. Richard Lu表示，《Nature》在2023年4月告知他重新分析的文章對(duì)他研究結(jié)果的質(zhì)疑。隨后，他和同事們做了進(jìn)一步的實(shí)驗(yàn)和分析，提交了一份“回復(fù)”（Reply），但2024年11月，《Nature》通知他不會(huì)發(fā)表這份“回復(fù)”并計(jì)劃撤稿。2025年6月，他將這份“回復(fù)”作為預(yù)印本發(fā)布在bioRxiv上。

圖. 發(fā)表到預(yù)印本的回復(fù)

鏈接：https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2025.06.01.657310v4

預(yù)印本的這篇回復(fù)指出，獨(dú)立的小腦圖譜分析確實(shí)驗(yàn)證了TCP細(xì)胞的存在。他們分析了與Paul Northcott團(tuán)隊(duì)相同的圖譜，并鑒定出了高度富集SOX11和HNRNPH1的細(xì)胞類型，預(yù)印本稱這“證實(shí)了類似TCP細(xì)胞群的存在”。

此外，Q. Richard Lu團(tuán)隊(duì)對(duì)原始數(shù)據(jù)集進(jìn)行重新分析時(shí)，使用了更嚴(yán)格的數(shù)據(jù)截?cái)嘀担╟ut-off）以排除環(huán)境RNA污染，最后仍然得出結(jié)論：TCP細(xì)胞具有一組“由顯著富集的標(biāo)記基因” 為標(biāo)志的獨(dú)特轉(zhuǎn)錄特征。

Q. Richard Lu在2025年6月致信給出版?zhèn)惱砦瘑T會(huì)（COPE），要求進(jìn)行獨(dú)立審查，以確定《Nature》的撤稿流程是否“遵循了COPE指南和最佳編輯實(shí)踐”。

他表示，現(xiàn)在并沒有發(fā)現(xiàn)嚴(yán)重到需要撤稿的“證據(jù)確鑿”的錯(cuò)誤，如果存在這種足以改變結(jié)論的錯(cuò)誤，他會(huì)主動(dòng)撤回該研究。

·關(guān)于Q. Richard Lu：

本文撤稿論文為Q. Richard Lu的第二次撤稿。

2022年，《Cell Death & Disease》曾撤回了一篇2017年發(fā)表的論文，撤稿原因?yàn)槎鄠€(gè)圖表中存在“重復(fù)特征”。Q. Richard Lu是這篇論文的合著者之一，對(duì)此，他表示自己不是這項(xiàng)研究的主要研究者，對(duì)這些圖表并不知情。

此外，Q. Richard Lu及其同事糾正了2009年發(fā)表在《Nature Neuroscience》上的一項(xiàng)研究，該研究的一張圖表存在“非故意的重復(fù)”。2025年6月，學(xué)術(shù)偵探Elisabeth Bik在PubPeer上指出這一問題。

文章整理自：https://www.thetransmitter.org/cell-types/《Nature》-retracts-paper-on-novel-brain-cell-type-against-authors-wishes/