上海
在一系列的生信分析和數據挖掘過程中，差異分析往往是第一步，|FoldChange| >2，p<0.05是我們想要的結果。即使是用 R 處理GEO、TCGA和CCLE等平臺的數據做分析，甚至是用 R 處理自測芯片或測序的數據做分析，沒有差異也是枉然。
前面我們分享了用 R 處理GEO數據，只是展示了特定基因的差異，沒有做火山圖。這次，我們參考別人的代碼，整理了火山圖繪制，內容參考：
https://erikaduan.github.io/posts/2021-01-02-volcano-plots-with-ggplot2/
首先繪制簡單的火山圖。
vol_plot # Visualise simple volcano plot 
增加標注線
linetype = "dashed") 
增加刻度線
xlim(-8,8) 
上調和下調基因增加配色。
limits = c(-8, 8)) 
標注興趣基因
limits = c(-8, 8)) 
此外，GEPIA數據庫中的差異基因也可以下載下來，用于火山圖繪制。這里，我們以GBM中的整合素基因家族為例，分享用GEPIA數據繪制火山圖的方法。
limits = c(-8, 8)) 
視頻講解已經在周末直播中分享過，感興趣的小伙伴可以試試喲~
特別聲明：以上內容(如有圖片或視頻亦包括在內)為自媒體平臺“網易號”用戶上傳并發布，本平臺僅提供信息存儲服務。
Notice: The content above (including the pictures and videos if any) is uploaded and posted by a user of NetEase Hao, which is a social media platform and only provides information storage services.
